1. 这个工具可以将短的read比对到已经比对好的长序列比对文件，并且在比对的时候考虑长序列的phylogeny的信息
2. 支持多核并行。但是直接下载static binary文件运行的时候设置-j并行计算会报错，papara的论坛里面有人回答说需要自己编译一下这个程序
3. 我在自己编译的时候发现一只有boost库报错的问题
4. 仔细寻找之后在PHANS-C Documentation Release 1.0里面找到了解决方案：

#Assumes you have Bioconda and an environment setup and activated
conda install boost=1.64
cd /path/to/papara/source/directory
ln -s /path/to/your/conda/installation/your_env/include/boost/ ./boost
sh build_papara2.sh
cp ./papara /path/to/your/bin/dir