世传吕祖的各种著作和诗歌很多，据《国学宝典总目·现存唐人著述书目》所载，有《易说》二卷图解一卷、《五经合编》、《吕帝文集》一卷、《吕帝诗集》一卷、《纯阳真人浑成集》二卷、《太上玄元道德经解》一卷、《吕祖沁园春》、《先天斗帝敕演无上玄功灵妙真经疏解》一卷、《九皇新经注解》三卷、《十六品经》三卷、《同参经》三卷、《吕帝心经》一卷、《先天一无度人妙经》一卷、《延生澄圣真经》一卷、《余玉宝经》一卷、《醒心真经》一卷、《秘传正阳真人灵宝毕法》三卷、《灵宝毕法》三卷、《新镌道经五篇注》五卷、《金华宗旨》一卷、《金华宗旨阐幽问答》一卷、《三宝心灯》一卷、《微言摘要》一卷、《黄鹤赋》一卷、《百名章》一卷、《真经歌》一卷、《鼎器歌》一卷、《采金歌》一卷、《吕祖药石制》。
这些著作和诗歌，大部分由后人收集整理，编入《吕祖全书》。较早的一部《吕祖全书》，原为明陆西星初编，清李西月重编。分上下两部，上部为《吕祖年谱》，凡七卷，分年记述吕祖事迹，自唐迄清，凡有关吕洞宾的传闻、逸事一概搜罗。下部为《纯阳先生诗集》，一名《吕祖编年诗集》，凡九卷，收集诗词千余首。
另一部《吕祖全书》，为1742年（清乾隆七年）刘体恕汇辑，当时以木版印行，后在1775年（清乾隆四十年）又由钱塘天香阁重镌重刊；此后，又在1796年（清嘉庆元年）、1800年（清嘉庆五年）、1850年（清道光三十年）先后三次重刊。民国期间，先后多次以石印版重刊。1917年（民国6年）上海千顷堂缩印；1920年（民国9年）上海大成书局缩印；1930年（民国19年）上海锦章书局缩印。重刊柯式版，1965年香港德信印务公司影印存版。
这部《吕祖全书》全书33卷。卷三至卷五，收入吕洞宾诗词约300首左右。卷六为《指玄篇》，收入吕祖自序和律诗16首，绝句32首。卷七至卷八为忠孝诰，集中反映了吕洞宾“忠君孝亲”的思想。卷九至卷十一，为前后《八吕经》。卷十二至十五，为《五品仙经》和《三品经》。卷十六至十八为《参同经》。卷十九为《圣德诸品经》。卷二十《金丹直指诸品经》。卷二十一为《醒心经》。卷二十二为五篇经注。卷二十三为《雪过修真仙忏》。卷二十四为《玉枢宝经赞》。卷二十五至二十六为《葫头集》。卷二十七为《涵三杂咏》。卷二十八为《涵三语录》。卷二十九至三十为《修真传道论》。卷三十一为《敲爻歌沁园春注解》。卷三十二为《吕祖诰》。卷三十三为续篇。
《纯阳真人浑成集》，是吕祖所撰之诗集。卷首有金清真道人何志渊序，讲述在藏宝中偶得吕岩二百多首诗章，遂厘为二卷，“以其浑然天成”，故名曰《浑成集》。本集是编辑最早的吕祖诗集，《全唐诗》收吕岩诗249首、词 30首，多采自此集。
《吕洞宾丹诀诗词歌赋摘录》，全书共十八节，第一节为吕祖传略；第二节至第七节为五言、七言律诗和绝句；；第八节为敲爻歌摘注与摘序；车船费九节为三字诀通录；第十三节为真经歌通录；第十四节和第十五节为《指玄篇》；第十六节为吕祖百字碑说译；第十七节为直指大丹歌；第十八节为天乐子《指玄篇》录后诗评。
《钟吕传道集》，钟、吕内丹撰述的传世，大略在北宋末。《宣和书谱》卷19谓钟、吕“有问答语及诗成集”。此关答语当即《道藏》所收《钟吕传道集》。曾慥所辑《道枢》节录，名《传道篇》。《道柢》所录钟、吕说尚有《灵宝篇》、《百问篇》、《时后三成篇》、《修真指玄篇》、《众妙篇》等。
《灵宝毕法》，原题吕祖传，钟离祖师辑。为上、中、下三卷，共十篇。上卷为小乘，述安乐延年法，凡四门；中卷为中乘，述长生不死法，凡三门；下卷为大乘，述超凡入圣法，凡三门。主旨在论述内丹炼精、气、神之道。收入《道藏》第874册。
由著名学者汤一介主编、九州图书出版社在21世纪初最新出版的《道书集成》收入吕洞宾著作诗词有：《吕纯阳真人沁园春丹词注解》（卷八）、《孚佑上帝纯阳吕祖天师疏解》（卷二十）、《指玄篇注》、《敲爻歌直解》、《百字碑注》、《黄鹤赋》（均见卷四十三）、《吕帝诗集》（卷四十七）、《吕祖宝卷》（卷四十八、四十九）、《吕帝文集》（卷五十）、《纯阳吕真人药石制》(卷五十二)，并收入了记述吕洞宾“圣迹”的纪传《吕帝圣迹纪要》（卷二十三）、《纯阳帝君神化妙通纪》（卷五十八）、《吕祖志》（卷五十九）。
