Oncomine数据库免费下载数据技巧及下载R包

Oncomine数据库免费下载数据技巧

oncomineR包需要配合插件Save as MHTML一起使用,所以,首先我们需要先来安装这个插件

oncomineR 在github上

devtools::install_github('yikeshu0611/oncomineR')

使用save as MHTML来下载网页数据

调用oncomineR包

library(oncomineR)

整理数据

r = oncomine('Age.mhtml')
head(r)

安装R包

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("rtracklayer")
install.packages("installr")
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.12")

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