7. 利用python计算核酸序列中各碱基的次数

问题：已知一个核酸序列为seq = "AATTGC" 利用python程序计算各个碱基出现的频率。

# 如何计算核酸序列中碱基出现的频率
seq = "AATTTGC"
base = {}
for nucl in range(len(seq)):
    if seq[nucl] in base:
        base[seq[nucl]] += 1
    else:
        base[seq[nucl]] = 1
for each in sorted(base.keys()):
    print(each + " " + str(base[each]))
# 输出列表格式
print(sorted(base.items(), key=lambda x: x[1]))

输出结果

方法2： 利用count函数，统计ATCG四种碱基的出现次数。

seq = "AATTTGC"
for nucl in 'ATCG':
    num = seq.count(nucl)
    print(nucl, num)