varianceStabilizingTransformation

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = exprSet,colData = colData, design = ~ group_list)
dds_2 <- DESeq(dds)

vsd <- assay(varianceStabilizingTransformation(dds))
vsd_2 <- assay(varianceStabilizingTransformation(dds_2))

对于这个函数,一直在纠结varianceStabilizingTransformation() 括号里面是加dds还是dds_2。运行上述代码发现vsd与vsd_2数据是完全一致的,所以不用过多纠结。。。。

image.png
image.png
最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。

推荐阅读更多精彩内容