版本3.23(2001)
广泛使用，一般认为这个版本的发布是MySQL真正“诞生”。
不过这个版本MySQL依然只是一个在平面文件上实现SQL查询的系统。
重要的时引入MyISAM代替老旧而且限制诸多的ISAM引擎，InnoDB引擎也已可以使用(但未包含在默认的二进制发行版中，因为它太新了)版本3.23还引入了全文检索和复制。复制是MySQL成为互联网应用的数据库系统的关键特性
版本4.0(2003)
支持新语法，如 UNION 和 多表 DELETE语法。
重写了复制, 在备库使用两个线程来实现复制。(避免之前一个线程下所有复制工作的模式下的任务切换导致的问题)
InnoDB成为标配(包括全部特性: 行级锁、外键等)
查询缓存，同时支持通过SSL进行连接
版本4.1(2005)
引入了更多新语法，如: INSERT ON DUPLICATE KEY UPDATE
开始支持UTF-8字符集
支持新的二进制协议和prepared语句
版本5.0(2006)
这个版本出现一些“企业级”特性: 视图、触发器、存储过程和存储函数。
老的ISAM引擎被彻底移除。同时引入新的Federated等引擎
版本5.1(2008)
Sun收购MySQL AB 以后发布的首个版本
研发时间长达五年
引入分区、基于行的复制，以及plugin API (包括可插拔存储引擎的API)
移除了BerkeyDB引擎(MySQL最早的事务存储引擎)
其他如Federated 引擎也将被放弃。
同时 Oracle收购的InnoDB Oy 发布了 InnoDB plugin
版本5.5(2010)
这是Oracle 收购Sun 以后发布的首个版本
主要改善集中在性能、扩展性、复制、分区、对微软 Windows系统的支持等
InnoDB 成为默认的存储引擎
更多一些遗留特性和不建议使用的特性被移除
增加PERFORMANCE_SCHEMA库，包含一些可测量的性能指标的增强。
增加了复制、认证和审计API。
半同步复制插件进入实用阶段
Oracle还在2011年发布了商用的认证插件和线程池
InnoDB在架构方面也做了较大的改进，比如多个子缓冲池
