library(tidyverse)
library(ggplot2)
library(RColorBrewer)
umap_tx =seurat.integrated@reductions$umap@cell.embeddings %>%
as.data.frame() %>% cbind(tx = seurat.integrated@meta.data$celltype)
ggplot(umap_tx, aes(x=UMAP_1, y=UMAP_2, color=tx)) + geom_point(size=1,alpha = 0.3)+scale_color_manual(values=colorRampPalette(brewer.pal("Set1",n=9))(17))
ggplot重新画seurat对象的聚类图
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