连锁不平衡 (Linkage disequilibrium)又称等位基因关联（allelic association），其原理其实很简单。
假定两个紧密连锁的位点1，2，各有两个等位型（A，a；B，b），那么在同一条染色体上将有四种可能的组合方式：AB，Ab，aB，和ab。
假定等位型A的频率为PA，B的频率为PB，那么如果不存在连锁不平衡（如组成单倍型的等位型间相互独立，随机组合）单倍型AB的频率就应为PAB。而如果A与B是相关联的，单倍型AB的频率则应为PAB+D，D是表示两位点间LD程度的值。
D=PAB-PA*PB
D’和r2值为零时，连锁完全平衡；
D’和r2值为1时，连锁完全不平衡.
简单的说A的等位基因a，B的等位基因b.
PA,PB,Pa,Pb的出现概率都是1/2,理论上PAB应该是1/4（1/2*1/2)。
但AB两个基因连锁，那么PAB会接近1/2，比1/4高，且连锁程度越高PAB会接近1/2。
