ChIP-seq之samtools简单命令

100天生信-Day7

ChIP-seq拉下来的reads经过mapping生成.sam文件，sam文件使用samtools转bam，再sort，，最终的bam文件再去跑MACS2 callpeaks。并且可能会建立bam和genom索引去使用IGV可视化

## sam转bam
samtools view -bS Ta.sam > Ta.bam

##sort bam
samtools Ta.bam Ta.sort.bam

## 查看bam文件, 通过管道符输入到less工具查看
samtools view Ta.sort.bam | less -S

## 建立索引，导入IGV(bam,genome)
samtools index Ta..bam
samtools faidx Ta.fa

推荐教程：https://www.jieandze1314.com/post/cnposts/8/

最后编辑于 ：
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明：文章内容（如有图片或视频亦包括在内）由作者上传并发布，文章内容仅代表作者本人观点，简书系信息发布平台，仅提供信息存储服务。