MEGAN6安装及使用的问题

最近接手了一个宏基因组项目,做了一段时间,已构建群体的基因丰度集,其间遇到的种种问题暂且不表。本以为接着就可以进行结构和功能注释,忙活了半个月终于可以有可视化的结果了。

结果,还是太天真,败在Megan这个可爱的程序上。此刻写这篇文章,想跟大家探讨交流,也希望自己可以借此冷静。

问题:

  1. 软件linux版本不支持命令行模式
    是的,作为一个linux下的软件,它不支持command line mode。能体会一个新手小白好容易安装完然后 -h -v 不管 - 什么都没反应的绝望吗?
  2. 高阶版本要付费
    高阶付费版本支持命令行,官网有30天的试用模式,重点来了,点击申请 trial license页面就404。我觉得不是墙的问题。
  3. win版超级卡顿
    试了两台8g电脑卡的死死的,偷偷借了隔壁80g运行内存的Windows工作站,运行2.5小时后卡的一动不动,吓坏我了怕被抓现形==遂放弃
  4. 旧版本不能运行
    我想我需要用的功能很初级,megan5应该也可以,然后本地下载-安装-运行,至今都没出来页面。
    这个软件的使用说明及其难找,论坛资源也很有限,总之就是困难重重,如果Meta分析发展的像Chipseq和RNAseq那样,该多好。

I'm a northern girl, tall and strong with really bad temper. If I'm not lazy, I will definitely beat the author right on his face.

好了,果然梳理完了之后,恢复了冷静,决定刷几篇文献cheer up一下。想到解决办法我会来分享。如果你刚好用过megan,求指教!

5.8 问题解决了:
安装megan6时最后一步有一个选项:max memorize,默认2g可根据个人电脑性能调整,我设成了6g即6000megabase,运行几小时后成功。
一开始安装的时候看到 check updates之类的都默认跳过了,所以造成了失误。看来还是要细心,而且不放弃不抱怨,出了问题多从自己身上找原因,哪怕是认为最不可能出错的那一步,往往是解决问题的根源。

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