linux mega比对后fastree建树

6-【FasTtree、RAxML-NG、IQtree】的安装和使用（2021.3.16更新） - 简书 (jianshu.com)
复现文章中的基因进化树[MUSCLE+FastTree] - 简书 (jianshu.com)
使用Linux版的MEGA构建某一基因家族的基因进化树 - 简书 (jianshu.com)
megacc构建进化树.mao文件生成方法 - 组学大讲堂问答社区 (omicsclass.com)

https://www.megasoftware.net/
下载后直接拖到文件夹中

tar -zxvf megacc_11.0.13_amd64.tar.gz#解压缩
conda install fasttree

打开megaWindows版本prototype，选择比对后保存设置的mao文件

1713183106541.png

time megacc -a muscle_align_protein.mao -d 序列文件.fa -f Fasta -o Aligned.fasta
fasttree 比对文件 > 树文件

建树完成
注意：不能有重复的名称，蛋白建树默认JTT+CAT模型，还可以用参数-wag或者-lg切换成LG+CAT或者WAG+CAT模型

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