注:本文系本人翻译官方文档HowToDownload
获取InterProScan 5的副本
首先检查您的系统是否满足安装要求。要安装InterProScan 5软件,你需要完成以下步骤:
1. 1. 获取InterProScan软件
mkdir my_interproscan
cd my_interproscan
wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/5/5.36-75.0/interproscan-5.36-75.0-64-bit.tar.gz
wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/5/5.36-75.0/interproscan-5.36-75.0-64-bit.tar.gz.md5
# Recommended checksum to confirm the download was successful:
md5sum -c interproscan-5.36-75.0-64-bit.tar.gz.md5
# Must return *interproscan-5.36-75.0-64-bit.tar.gz: OK*
# If not - try downloading the file again as it may be a corrupted copy.
建议直接使用filezilla等ftp工具进行下载,ftp地址:ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/5/5.36-75.0/interproscan-5.36-75.0-64-bit.tar.gz
由于压缩文件非常大,强烈建议使用md5sum检查文件是否已下载而没有错误,如上所述。
文件加压缩
tar -pxvzf interproscan-5.36-75.0-*-bit.tar.gz
# where:
# p = 保存文件权限
# x = 从归档文件中提取文件
# v = 详细列出处理过的文件
# z = 通过gzip过滤存档
# f = 使用存档文件
这是一个完全自包含的版本,包含成员数据库特定的二进制文件和模型/签名文件。这应该在Linux系统上运行“开箱即用”。注意,它不包括Panther(可以单独下载—请参阅下面)和包含组件的分析,您必须为这些组件获得自己的许可证。
2. 安装 Panther Models
InterProScan 5包括 Panther成员数据库分析。
安装Panther Data之前
首先,确保您已经提取了InterProScan 5的分布
提取它的路径如下所示[InterProScan5 home]。
下载Panther model data
请检查版本兼容性,以确保您下载的Panther版本与您正在运行的InterProScan版本兼容。
要从FTP站点下载最新的Panther数据文件到[InterProScan5 home]/data/目录:
cd [InterProScan5 home]/data/
wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/5/data/panther-data-14.1.tar.gz
wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/5/data/panther-data-14.1.tar.gz.md5
建议使用ftp工具下载
这是一个非常大的文件,所以强烈建议您在下载文件后检查MD5校验和:
md5sum -c panther-data-14.1.tar.gz.md5
# This must return *panther-data-14.1.tar.gz: OK*
# If not - try downloading the file again as it may be a corrupted copy.
安装 Panther Data
将Panther data提取到所需的位置,例如。
cd [InterProScan5 home]/data
tar -pxvzf panther-data-14.1.tar.gz
3.使用本地预计算匹配查找服务(可选)
请查看官方文档