那么接下来结合上面所有的分析，我先来复盘一下截止至绯色篇柯南红黑对决，也算是一定程度的总结，顺便把少量没能写进去的几个坑简单分析一下：
40年前，乌丸莲耶发现母亲给自己的宝藏中可能拥有能实现组织目的的东西，于是召集学者寻找线索，最后发现其中一块特殊陨石被人拿走了。他们找拿走陨石的大黑连太郎家，乌丸莲耶用陨石把自己附身在大黑身上，妻子在得知实情后把双胞胎女儿送到孤儿院，随后被组织杀害。与大黑很熟的务武在知道是乌丸集团导致了大黑家的变故。其中一位女儿被领养，是降谷零的妈妈；另一位因为基因问题没有被领养，最后被组织找到带回，此人就是贝尔摩德。贝姐假装不知道真相，组织以为另一个女儿也不知道，加上刚附身完组织需要进行调整，于是没有去追究那个女孩的下落。
30年前至27年前（大概），cia在大阪发现服部家和组织有关，于是潜伏在那里。平藏知道组织的存在。
约20年前，组织40年前那些事被发现，相关资料在茱蒂父亲那里。组织不得不把黄昏之馆卖了来撇清关系，整体势力挪到长野县附近的群马县。贝姐率先前去杀害茱蒂的父母，查看资料发现小时候的记忆很可能是真的，于是偷偷藏起资料，假装资料连房子和遗体一起烧毁。因为无法怀孕，贝姐没有直接杀害茱蒂。为了避免未来组织会杀害她，贝姐前去学习易容术，认识了有希子。
20年前至17年前，组织成功诱骗宫野夫妇进入组织（很可能是rum诱骗的，艾莲娜和rum有同样的镜子可能是rum假装和她交友时一起买的），贝姐将艾莲娜当作天使，初代a药研发出来，此药男性服用必死，boss无法用此药永生。为了验证a药在性别差异上的作用是基因问题还是激素问题以及药物对胎儿的作用，组织诱骗刚成功怀孕的贝姐服下a药。贝姐肚子里的孩子冻龄，最后不得不打胎从此彻底无法生育；而艾莲娜产下了女儿志保，从此贝姐特别痛恨a药和艾莲娜以及志保。boss因为贝姐的遭遇暂时恢复了意识，贝姐知道了真相，且和boss定了个猫叫暗号来暗示意识恢复。组织从贝姐的情况发现冻龄的方案是不行的，因此把研究方向改为减龄。
17年前，羽田浩司为藏有组织秘密的将棋软件代言，此软件内藏着能让组织必须保留护身符棋子的信息，并在图标中塞入护身符棋子元素，组织尝试阻挠软件售卖失败。
羽田浩司与阿曼达设计引诱rum前往洛杉矶来解决他们。他们叫了客房服务点了红茶，并约定一定时间后来打扫。接着阿曼达离开房间通知fbi抓人，fbi中内奸把此事通知rum，rum派人制造袭击事件阻碍fbi行动，詹姆斯在其中救了一个羽田浩司的粉丝并成了朋友。阿曼达被杀害。而rum前往羽田浩司房间前给自己的手指涂了层膜来避免指纹泄露，在红茶中放a药并喝下红茶，但羽田浩司没有喝。
羽田浩司在迟迟等不到fbi后，在临近约定服务生来收拾的时间向rum坦白自己对组织的事知情，故意举着护身符棋子说她杀害了他只会让世人注意到软件，并且时间不多了，rum则拿出a药告诉他这个药查不出死因，羽田浩司拿着剪刀以自残威胁她，并逃进卫生间用镜子剪出乌丸莲耶的暗号，rum尝试用脚踢手臂来阻止他，但还是在手臂上留下伤痕，最后只好直接击晕，把人拖出卫生间并带上眼睛对案发现场进行改动，灌下a药，找出护身符棋子，然后就因为没有时间来不及整理现场，不得不直接离开。
一段时间rum后发现她遗漏了镜子暗号，回到现场准备做点什么来弥补失误，正好遇上前来调查的务武，两人对打，务武处于下风且被击伤左眼。务武推理出存在一种查不出死因的毒药，她出于什么理由不能让世人知道有人想杀害羽田浩司，并且她在时间上被坑了，嘲笑“time is money”，使rum漏出破绽，务武击伤rum右眼，rum因为流血而无法停留在现场。
逃跑的务武正好遇上了工藤夫妇，此时有希子挺着大肚子。有希子给务武易容，并与优作和他在一起，组织看到了他们，觉得虽然这人眼睛伤的务武一样，但长相不对，而且正常讲不会有哪个孕妇敢和被追杀的人在一起，就算那个孕妇那么疯狂至少丈夫会阻止，因此放了他们一马。rum为了隐藏乌丸莲耶和有人要杀害羽田浩司而虚构了阿曼达的保镖浅香。
躲过一轮搜查的务武与二人交流羽案，虽然被组织的信息误导，但也察觉到浅香出现得有问题。为了避免妻儿受牵连，发信息让他们去日本，并委托工藤夫妇把情况和他们说明，除了有问题的镜子暗号。有希子把务武列为自己的骑士。mi6在务武失去联系后前往离杯户町很近的米花町潜伏，最后选择在小五郎住处附近设置据点（时间不明）。
宫野夫妇在看到羽案后知道自己研发的a药的真面目，组织以他们和女儿们都能永生来诱惑他们继续研发a药，他们假装同意，但实际上故意将a药往幼儿化研发，然后放火杀死包括自己在内所有a药研发人员，并摧毁除了幼儿化版以外的a药资料，希望有幼儿化的受害者主动追求解药，以此摧毁组织的阴谋。为了以防万一，艾莲娜还制作了给志保的录音带，里面暗藏了这些信息，并把录音带给贝姐。他们还把女儿托付给了贝姐，不过贝姐因为志保是导致他们进组织的元凶，加上自己女儿因为a药死亡的刺激，她非常讨厌志保。
组织因为人员损失和羽案泄露a药秘密，不得不停止a药研发。志保因为还不记事被送往美国留学，但明美此时有点懂事了，可能知道点什么，加上她的性格与组织格格不入，组织将其边缘化，没有直接杀害的原因是贝姐以可以用明美牵制志保来阻拦。rum作为同样是a药服用人员，以自己服下a药结果任务还是失败了来和贝姐套近乎，贝姐假装被安慰到。
胜又力和板仓卓想追求羽案真相，整理了所有他能知道的信息，板仓卓写了无法逆向追踪的软件来上传羽案信息。而板仓卓则想复活羽田浩司，开始编写能生成意识的软件，后来放弃研发。
16年前，西木他们的电影被组织和黑田注意，西木被组织骚扰，求助工藤夫妇。前去帮助他的二人遇上黑田，得知此事与羽田浩司死亡有关。黑田抓住跟踪西木的人，组织发现黑田也知道当年的事，制造火灾想将其灭口，但被弓长警官所救。
17至10年前，秀一前往美国，以留学的名义调查羽案，遇上詹姆斯，詹姆斯把当时的事情告诉秀一，因为fbi有导致父亲死亡的元凶之一，因此他想进入fbi调查真相。
10年前，工藤一家和赤井一家见面。有希子把务武的情况告诉了他们。玛丽在得知组织不敢对羽田家出手后把和务武很像的秀吉送到羽田家，让秀吉过正常生活。有希子把秀一和玛丽列为她的骑士，此后经常和在日本的玛丽和世良交流，两人因此对新一儿时长相非常熟悉，世良因为新一带来的家庭氛围变化而把新一称为魔法师（优作因为不会易容加上要经常赶稿而没有直接来往）。
6年前，黑田苏醒，此时降谷零进入公安，得知他是为了找被乌丸集团邀请的艾莲娜而进入公安后，让他去组织卧底，化名安室透。随后景光也进入组织卧底，但时间不明。在组织中安室透发现自己的亲生父亲是no.3，与其搞好关系在组织中获得信任。
5年前，秀一卧底组织。为了接近a药秘密和寻找艾莲娜的信息，他通过明美来进入组织。但为了不让组织发现他接近明美的真实目的，秀一与茱蒂分手，以免被人发现他和明美的真实关系。同时他与玛丽保持联系，汇报情况。
4年前，安室透、秀一、景光调查asaca的信息，景光暴露，秀一听到安室透的脚步声而没能阻止景光自杀，对组织的汇报是他杀了景光，组织给秀一提升了地位，导致安室透以为秀一是为了邀功故意对景光见死不救，因此情绪爆炸，无法维持扑克脸的他声称他对自己好友是公安卧底而愤怒，要求进公安卧底，秀一因此怀疑他也是公安，同时在场的贝姐也怀疑他的身份。黑田在安室透回来后以波本称呼他，以此来时刻提醒他现在是以组织成员的身份进入公安的。同年水无父亲暴露，因为大阪没有组织势力，他们找不到cia的据点。
3年前，人鱼岛因人鱼不死传说而名声大噪，boss、rum和no.3前往查看是否有自己需求的东西，确定没有后，考虑到boss年事已高，a药研发需尽快重启，于是在英国mi6总部附近和美国洛杉矶等地假扮务武来寻找务武下落，结果在美国发现务武踪迹，此时务武已加入icpo。安室透将此事汇报给黑田，黑田又将此事告诉工藤夫妇，两人离开新一前往洛杉矶定居。玛丽因为他们在英国假扮的务武而离开日本回到英国。此后玛丽与工藤夫妇联系减少，但秀一和工藤夫妇联系就密切起来，优作以秀一为原型开始写剧本《绯色的的调查员》。
2年前，秀一因为卡梅隆的失误暴露，卡梅隆在此后经过严密审核确定他不是卧底而是真失误。龙舌兰找到板仓卓寻求他研发的软件，但被拒绝。组织便偷偷去他办公室和家里寻找软件，由于板仓卓报警了，他们发现他是很神经质的人，于是直接通过继续进出他的家来威胁他。
1年前，fbi内奸成功获得务武信任，务武家庭信息暴露，组织知道秀一真名，并怀疑秀一接近明美的真实目的，贝姐为了防止未来会因为秀一而暴露a药秘密而准备率先率先除掉秀一，结果被反杀，组织发现他是隐患而将其称作银色子弹。贝姐在此时因为新一和小兰的帮助而将他们当作自己的宝贝，于是为了不牵连他们舍弃沙朗身份，与有希子断联。另外，为了能让世人发现a药的存在，故意在沙朗的葬礼上说出口头禅，幸存的茱蒂注意到了。组织也重新监视秀吉，步美母亲与秀吉密谋的事差点被组织发现。
虽然有秀一这个隐患，但务武毕竟被组织掌控了，此时比较适合重启a药研发，在雪莉、琴酒和伏特加再次前往人鱼岛确定没有想要的东西后，a药研发重启。
板仓卓同意研发软件，贝姐在跟他讲要软件做什么时大黑连太郎意识苏醒发出猫叫暗号，贝姐急忙挂掉电话。
