Atera项目分析--稀有细胞类型的注释与CNV分析的提升

作者,Evil Genius

Atera已经上线一段时间了,手上开始有Atera的分析项目了,先给大家分享一点初步的分析经验,如果想完全掌握Atera的数据分析,还需要一点时间探索。

首先第一步,稀有细胞群体的发现,这个是目前首先能想到的分析点。

Atera相较于Xenium 5k甚至更低的panel,全基因的覆盖最可能先发现稀有细胞群。
但是大家首先要想一个问题,如果Atera的细胞注释跟大多数Xenium 5k的注释策略一样,需要单细胞辅助注释,那稀有细胞群的分析价值就会打折扣,核心聚焦于一点,Atera能不能单独注释细胞群甚至细胞亚群。
这也是客户经常问到的问题
以癌症样本为例。
实际中Atera依据marker注释的效果表现呢?
确实在区分亚群方面的性能有所提升。

第二部分,CNV分析呢?

之前跟大家分享过,visium HD和xenium 5k、Cosmx 6k分析CNV效果均不佳。

那么Atera呢?尤其是CNV的异质性

初步来看恢复了CNV信号。

那么niche分析呢?

初步推断具有更加精细的空间细胞结构。

更多的实际效果,需要更多的经验积累了。

生活很好,有你更好。

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