2020-05-27

数据可视化
以下R包用于数据可视化:

ggplot2及其扩展:ggplot2包提供了一个强大的绘图系统,并实现了以下扩展

ggthemes:提供扩展的图形风格主题
ggmap:提供Google Maps,Open Street Maps等流行的在线地图服务模块

ggiraph:绘制交互式的ggplot图形

ggstance:实现常见图形的横向版本

GGally:绘制散点图矩阵

ggalt:添加额外的坐标轴,geoms等

ggforce:添加额外geoms等

ggrepel:用于避免图形标签重叠

ggraph:用于绘制网络状、树状等特定形状的图形

ggpmisc:光生物学相关扩展

geomnet:绘制网络状图形

ggExtra:绘制图形的边界直方图

gganimate:绘制动画图

plotROC:绘制交互式ROC曲线图

ggspectra:绘制光谱图

ggnetwork:网络状图形的geoms

ggradar:绘制雷达图

ggTimeSeries:时间序列数据可视化

ggtree:树图可视化

ggseas:季节调整工具

lattice:生成栅栏图

rgl:交互式3D绘图

ggvis:交互式图表多功能系统

htmlwidgets:一个专为R语言打造的可视化JS库

leaflet:绘制交互式地图
dygraphs:绘制交互式时间序列图

plotly:交互式绘图包,中文介绍详见这里

rbokeh:用于创建交互式图表和地图,中文介绍

Highcharter:绘制交互式Highcharts图

visNetwork:绘制交互式网状图

networkD3:绘制交互式网状图

d3heatmap:绘制交互式热力图,中文介绍

DT:用于创建交互式表格

threejs:绘制交互式3d图形和地球仪 -rglwidget:绘制交互式3d图形

DiagrammeR:绘制交互式图表

MetricsGraphics:绘制交互式MetricsGraphics图

rCharts:提供了对多个javascript数据可视化库(highcharts/nvd3/polychart)的R封装。

coefplot:可视化统计模型结果

quantmod:可视化金融图表

colorspace:基于HSL的调色板

viridis:Matplotlib viridis调色板

munsell:Munsell调色板

RColorBrewer:图形调色板

igraph:用于网络分析和可视化

latticeExtra:lattice绘图系统扩展包

sp:空间数据工具

数据转换
以下R包用于将数据转换为新的数据类型

dplyr:一个用于高效数据清理的R包。视频学习课程
magrittr:一个高效的管道操作工具包。
tibble:高效的显示表格数据的结构
stringr:一个字符串处理工具集
lubridate:用于处理日期时间数据
xts:xts是对时间序列数据(zoo)的一种扩展实现,提供了时间序列的操作接口。
data.table:用于快速处理大数据集
vtreat:一个对预测模型进行变量预处理的工具
stringi:一个快速字符串处理工具
Matrix:著名的稀疏矩阵包
统计建模与推断
下述R包是统计建模最常用的几个R包,其中的一些R包适用于多个主题。

car:提供了大量的增强版的拟合和评价回归模型的函数。
Hmisc:提供各种用于数据分析的函数
multcomp:参数模型中的常见线性假设的同时检验和置信区间计算,包括线性、广义线性、线性混合效应和生存模型。
pbkrtest用于线性混合效应模型的参数Bootstrap检验
MatrixModels:用于稠密矩阵和稀疏矩阵建模
mvtnorm:用于计算多元正态分布和t分布的概率,分位数,随机偏差等
SparseM:用于稀疏矩阵的基本线性代数运算
lme4:利用C++矩阵库 Eigen进行线性混合效应模型的计算。
broom:将统计模型结果整理成数据框形式
caret:一个用于解决分类和回归问题的数据训练综合工具包
glmnet:通过极大惩罚似然来拟合广义线性模型
gbm:用于实现随机梯度提升算法
xgboost:全称是eXtreme Gradient Boosting。是Gradient Boosting Machine的一个c++实现。目前已制作了xgboost工具的R语言接口。详见统计之都的一篇介绍
randomForest:提供了用随机森林做回归和分类的函数
ranger:用于随机森林算法的快速实现
h2o:H2O是0xdata的旗舰产品,是一款核心数据分析平台。它的一部分是由R语言编写的,另一部分是由Java和Python语言编写的。用户可以部署H2O的R程序安装包,之后就可以在R语言环境下运行了。
ROCR:通过绘图来可视化分类器的综合性能。
pROC:用于可视化,平滑和对比ROC曲线

作者:天涯清水
链接:https://www.jianshu.com/p/4da52b9e3542
来源:简书
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