校园三剑客·魔幻方舟讲的是：
有一个男孩，他叫杨歌，他有超能力;一天，他正在睡觉，做了一个梦，他被吓醒了……他每天晚上睡觉都是同一个梦，都是全世界被大海掩没了——这一天也是做的同一个梦，他去上学，他的朋友白雪和张小开看到杨歌的眼睛变成了熊猫眼了，就问了一下他，因为是他们的考试，他的朋友就关心了一下他。在考试的时候，杨歌的脑海里出现了一句话，“到亚拉腊山吧。”杨歌觉得这不是真的，但是那个声音越来越大，杨歌突然眼前一黑，撞在了桌子上。监考老师急忙跑了过来，问了一下杨歌有没有事，杨歌醒了说了句“没事”老师就放心了。杨歌的大脑里又出现了那个声音，杨歌突然满头大汗，监考老师急忙走了过来，问一下他，杨歌说他要出去透透气，杨歌到了走廊，他脑海里又出现了那一句话“到亚腊山吧”杨歌很莫名奇妙，想：“为什么？”过了一会，杨歌听不到那个声音了，他就走了回去，接着考试。放学回家杨歌、白雪和张小开在家里讨论，突然，张小开的电脑变成了一个人，原来神秘客来了（神秘客是杨歌他们三个的“战友”，他之前帮助过他们好多次帮助他们完成任务。）！神秘客这次让杨歌他们去亚拉腊山上去。
神秘客把一切都搞好之后，杨歌，白雪和张小开座在了越野车里，山路崎岖，车子一停下来休息一下，白雪就冲出车外，吐的一塌糊涂，他们接着开车。一天晚上车外有一些人，好像是迷了路杨歌、张小开和阿密走出了车子，来到了那些人的眼前，发现他们都拿着一把枪，他们看到“校园两剑客”和一个司机来了，就举起枪，把司机给杀了。杨歌马上瞬间转移到了车上，开动了车，飞速地开走，那一堆拿着枪的人来到了他们的车子上，追着“校园三剑客”他们开着开着，看到前方有一个断路，杨歌的脑子飞快的想，他突然把他们瞬间转移到了一块大石头的后面，追他们的那些人，扔下一个手雷进入了车子里，“轰”！车子轰了，那些人以为他们死了，就杨长而去。他们走了很久，突然前面出现了一个队伍，“校园三剑客就和他们一起走了……他们走过了很多的艰辛，最后，他们中了敌人的陷阱，被关在了一个像是五星酒店的房间里，突然杨歌脑子里又出现了一个声音，“我能把门外的士兵给迷惑住十五秒，然后你自己看着办吧。突然门开了，杨歌冲了出去，发射出了一道电光，一个人就撞到了地上，突然一个身影出现了“啪！啪！啪！”剩下的三个士兵也和第一个士兵一样，撞在了地上。他们去了一会儿，看到了一个方舟，他们从方舟的后门进入，看到了一个女人，来到了另个世界原来，她是一个机器人，她是方舟之心，他们说了一会，张小开只能把那个方舟之心给毁了，因为，如果不这样做，他们的首领就要毁灭了世界。
最后，世界恢复了正常，“校园三剑客”又一次拯救了世界。
