一. 构建小分子结构
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工具介绍
(1)第一个图标用于构建分子键,在一个构建好的单键上再点一下就可以变为双键
(2)第二个图标也是构建单个分子键,但是方向可以随意控制,而第一个不能
(3)第三个用于构建六元环,构建出来就是下图左边的六元环的样子,六个分子键全部为单键。将一个已经构建好的六元环用鼠标选中后,选择菜单栏Chemistry|Bond|Aromatic 就可以构建一个苯环,如下图右边所示
(4)选择特定的C原子,再选择菜单栏 Chemistry|Element 就可以更换相应的元素,如下图红色的为O原子,绿色的为cl原子
二. 处理多个配体结构
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在文件浏览器(Files Explorer)中,展开 Samples|Tutorials|QSAR 文件夹,双击 pk-400.sd
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打开后,选择前 10 行(即前 10 个分子),可以选择第一行的“1”,按下shift,再选择第十行的“10”,就可以选中,再按下 CTRL+C进行复制
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打开一个新的窗口,在新窗口中按下 CTRL+V,将前 10 个分子粘贴至新窗口中。
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在工具浏览器(Tools Explorer)中,展开 Small Molecules|Prepare or Filter Ligands,点击 Prepare Ligands,打开相应的流程参数面板。 设置 Input Ligands 参数为 Molecule:All。 其余参数设为默认值。
因为用的是盗版的DS,所以跑不出来结果emmmmm,就是这样子