安装

apt install bwa # 可能需要管理员权限
bwa # 测试是否安装完成

下载参考基因组

wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/012/525/GCA_000012525.1_ASM1252v1/GCA_000012525.1_ASM1252v1_genomic.fna.gz

gunzip GCA_000012525.1_ASM1252v1_genomic.fna.gz # 解压

运行bwa将read比对到参考基因组

bwa index GCA_000012525.1_ASM1252v1_genomic.fna -p PCC7942_index # 建立索引，便于基因进行比对

bwa mem PCC7942_index /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_1.fq.gz /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_2.fq.gz >test_bwa_7942.sam #运行程序进行比对

查看生成文件

less test_bwa_7942.sam

test_bwa_7942.sam

Bowtie2安装运行

#比对之前先将参考基因组拷贝到当前的工作目录
bowtie2-build GCA_000012525.1_ASM1252v1_genomic.fna PCC7942_index #建立索引
bowtie2 -x PCC7942_index -1 /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_1.fq.gz -2 /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_2.fq.gz -S test_bowtie2.sam # 运行进行比对

查看

less -S test_bowtie2.sam

test_bowtie2.sam

比较俩款软件的运行效益

time bowtie2 -x PCC7942_index -1 /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_1.fq.gz -2 /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_2.fq.gz -S test_bowtie2.sam # bowtie2


time bwa mem -t 1 ../bwa_test/PCC7942_index /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_1.fq.gz /disk1/shares/Seqs/est_7942raw_2.fq.gz >test_bwa_7942.sam # bwa

Bowtie2

BWA