使用fastqc进行质控

高通量序列数据的质量控制工具
FastQC旨在提供一种简单的方法,对来自高通量测序管道的原始序列数据进行一些质量控制检查。它提供了一组模块化的分析,您可以使用这些分析快速了解您的数据是否存在任何问题,在进行任何进一步分析之前,您应该意识到这些问题。

FastQC的主要功能是:
1、从BAM、SAM或FastQ文件导入数据
2、提供快速概述,告诉您哪些领域可能存在问题
3、快速评估数据的汇总图表
4、将结果导出到基于HTML的永久报告
5、离线操作,允许在不运行交互式应用程序的情况下自动生成报告

安装指控软件fastqc

conda install fastqc
#调用fastqc
fastqc -t 1 -o /root/rna_seq/fastqc_out/ /root/rna_seq/test_R*.fq.gz
#-t 几个核
#-o 输出文档

fastqc结果文件解读

孟叔非常详细的解读
https://zhuanlan.zhihu.com/p/20731723

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