下载line1序列

法一:

安装:

sudo apt install mysql-client-core-5.7

sudo apt install mariadb-client-core-10.1

下载:

mysql --user=genome --host=genome-mysql.cse.ucsc.edu -A -D mm10 -e 'select chrom,chromStart,chromEnd,name from nestedRepeats where repClass="LINE" ' > line1.bed

查看:

ref: https://www.biostars.org/p/127759/

法二:

查看:

ref:UCSC Genome Browser Public Support › LINE

比较下选择第二个mm10:

验证:

有的时候网速不好一定要检查文件完整性!

在igv中查看:

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
【社区内容提示】社区部分内容疑似由AI辅助生成,浏览时请结合常识与多方信息审慎甄别。
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。

相关阅读更多精彩内容

友情链接更多精彩内容