一、为何要做蛋白互作？新手先搞懂 “研究意义”
蛋白互作(protein-protein interaction，PPI) 是指两个或多个蛋白质分子以非共价键为主形成复合物的过程，蛋白互作在基因表达调节、物质与能量代谢以及信号传递等方面发挥着重要作用，基本上所有生命活动都离不开蛋白间的协同与动态关联。蛋白互作是解析生命活动机制的关键，通过研究蛋白与蛋白之间的互作能够揭示分子机制、为药物开发新靶点提供思路，蛋白间互作是连接单个蛋白质与细胞整体功能的“桥梁”，其异常往往是疾病的根源，因此也是生命科学和医学研究的核心热点之一。
而今天要讲的 IP-MS/酵母筛库/Pull down MS、酵母双杂/Pull down/Co-IP/BiFC/LCA等，就是一套研究蛋白互作从“抓搭档”到“验关系”再“看位置”的“黄金组合拳”。
二、技术拆解：逐步走通蛋白互作，示图讲透核心逻辑
1. 第一步初筛：“大海捞针”，抓互作复合体
（1）免疫沉淀 - 质谱联用技术（IP-MS）
原理：基于抗原与抗体的特异性结合，将针对目标蛋白的带有特异性抗体的磁珠或琼脂糖珠（beads）加入到总蛋白中，与目标蛋白（如图中的X-GFP）结合形成“磁珠 - 抗体 - 目标蛋白 - 互作蛋白”复合物，将复合物与其他蛋白分离后进行质谱分析（MS），从而实现对目标蛋白及其相互作用蛋白的检测与表达分析。
（2）酵母双杂筛库
原理：Gal4转录因子由DNA结合域（binding domain，BD）和转录激活域（active domain，AD）组成，二者可以分开独立表达为有功能的蛋白。将目标蛋白（诱饵）与“DNA 结合结构域（binding domain，BD）”融合，制成“BD - 诱饵” 融合蛋白（能结合基因启动子，但不能启动表达），待筛选的基因文库（含大量未知基因）中的每个基因（猎物）与 “转录激活结构域（active domain，AD）” 融合，制成无数 “AD - 猎物” 融合蛋白（能启动基因表达，但不能结合启动子）。将两种融合蛋白的表达载体一起导入酵母细胞，若 “诱饵” 与某个 “猎物” 能相互作用，就会带动 BD 和 AD 在空间上靠近，形成有功能的 “激活因子”后调控酵母合成缺陷型培养基上所缺的氨基酸，对在缺陷型培养基上的酵母进行测序，从而找到与目标蛋白互作的蛋白。
（3）Pull down MS
原理：利用一种“诱饵”分子从复杂的生物样品（如细胞裂解液）中特异性地“钓出”与其直接或间接相互作用的“猎物”分子。MS（质谱分析）：使用质谱技术对钓取的“猎物”进行定性和定量分析，从而发现新的相互作用蛋白。
举个例子
以2024年发表在影响因子为11.6的《The Plant Cell》上的“The transcription factor CAMTA2 interacts with the histone acetyltransferase GCN5 and regulates grain weight in wheat”为例。
该文章发现组蛋白乙酰转移酶GCN 5与钙调蛋白结合转录因子CAMTA 2相互作用，调节小麦籽粒大小和重量。CAMTA2 通过与 GCN5 相互作用，在胚乳发育过程中直接结合到Sus2和SBEIc启动子中的 CGCG 基序上，建立H3K9ac和H3K14ac组蛋白标记，从而激活淀粉生物合成。
该研究使用IP-MS，鉴定了62种与组蛋白乙酰转移酶GCN 5相互作用的蛋白。在鉴定的互作蛋白中，TraesCS 4A 02 G407100注释为钙调蛋白结合转录因子CAMTA 2具有高IP-MS评分（如图表格），并暗示在转录调控中的潜在作用。
2.第二步：“验真假”—— 如何确认互作不是 “乌龙”？
（1） 酵母双杂交（Y2H）：测直接关系的“分子桥梁”
原理：Gal4转录因子由DNA结合域（binding domain，BD）和转录激活域（active domain，AD）组成，二者可以分开独立表达为有功能的蛋白。当二者在物理空间上靠近时可以表现出完整的转录因子活性。将两种目的蛋白分别与BD、AD融合表达，当目的蛋白发生互作时，使得BD、AD在物理空间可以靠近，这时就能够表现出完整的转录因子功能，从而激活下游基因的表达使酵母能在缺陷型培养基上正常生长。
（2） 体外下拉实验（Pull down）：体外 “复刻” 互作
原理：通过把X、Y两种蛋白在体外分别表达纯化后混合到一起，过蛋白X的抗体柱后，洗下柱子上的蛋白样并检测其中是否含Y。通过 Western Blot 检测，若X能把Y拉下来(即Pull down)，说明它们有直接相互作用，反之则无。
（3）免疫共沉淀（Co-IP）：黄金方法
原理：利用带有目标蛋白特异性抗体的磁珠或琼脂糖珠对目的蛋白X进行沉淀，互作蛋白Y也会被沉淀，最后得到“磁珠-抗体-目标蛋白-互作蛋白”复合物，再通过Western blot进一步对复合物中的靶蛋白进行一对一分析。
与IP-MS不同的是，Co-IP只能针对已知蛋白进行互作验证即验证两种已知蛋白是否互作，而IP-MS质谱分析出的是多种未知的互作蛋白。
（4）SPR/MST/ITC/BLI：“验证分子互作并定量亲和力”
适用于多类型，依赖“浓度 - 信号”关联的定量逻辑，结果可信且互补，且均需纯化样品与专用仪器支持。这些共性使其成为现代生物分子相互作用研究中不可或缺的核心工具。
A. SPR（Surface Plasmon Resonance，表面等离子体共振）
基于表面等离子体共振现象：将一种分子（如 “配体” 蛋白）固定在金属薄膜（通常是金膜）表面，另一种分子（如 “分析物” 蛋白 / 小分子）通过流动相流经表面。当两者结合时，金属膜表面的折射率发生改变，导致共振角偏移，偏移量与结合的分子质量成正比，从而实时监测相互作用。
B. MST（MicroScale Thermophoresis，微量热泳动）
基于热泳动现象：分子在温度梯度场中会因自身理化性质（如大小、电荷、疏水性）发生定向移动（热泳动）。当两种分子结合后，其复合物的理化性质改变，导致热泳动速率发生差异，通过检测荧光标记分子的迁移变化来定量相互作用。
C. ITC（Isothermal Titration Calorimetry，等温滴定量热法）
基于能量守恒定律：在恒温条件下，将一种分子（如配体）逐步滴加到另一种分子（如分析物）的溶液中。若两者发生结合，会伴随能量变化（放热或吸热），仪器通过检测维持体系温度恒定所需的热量，直接量化相互作用的热力学参数。
D. BLI（Bio-Layer Interferometry，生物层干涉技术）
基于光的干涉现象：将一种分子（配体）固定在光学传感器的生物层表面，当传感器浸入含有另一种分子（分析物）的溶液中时，若两者结合，生物层厚度增加，导致反射光的干涉条纹发生偏移。偏移量与结合的分子质量成正比，从而监测相互作用。
（5）双分子荧光互补（BiFC）：见证的蛋白“邂逅”场所
原理：将荧光蛋白（如GFP、YFP等）在分成N端和C端两个片段，二者单独存在时不发光。然后分别将这两个片段与待检测的目标蛋白A和B融合，构建成融合蛋白。当目标蛋白A和B在互作时，会使与之融合的荧光蛋白片段在空间上靠近并互补，形成完整有活性的荧光蛋白分子。然后通过荧光显微镜可以观察到荧光信号，从而判断蛋白之间发生了相互作用。
（6）荧光素酶蛋白互作分析（LCA）：聚焦 “证据属性”，明确共定位的辅助价值
原理：将荧光素酶蛋白拆分成C端和N端两个功能片段，再分别与待检测的目标蛋白融合。如果两个目标蛋白能够相互作用，那么与之融合的荧光素酶的N端和C端片段就会在空间上靠近并互补，重新形成具有活性的荧光素酶，进而催化底物产生荧光。通过检测荧光的有无及强度，就可以判断目标蛋白之间是否存在相互作用以及互作的程度。
3. 从“序列”到“社交圈”：蛋白互作网络的干实验解码
上述实验方法尽管准确性高，但通常耗时、成本高且适用范围有限。为了应对这一挑战，计算生物学家开发了基于计算方法的蛋白质-蛋白质相互作用PPI预测工具，这些工具可以根据蛋白质的序列或结构信息预测可能的相互作用。
A.蛋白互作与结合位点预测分析（AOS）
原理：基于AlphaFold建模技术，构建蛋白质的高精度三维模型；利用HDOCK进行快速对接，筛选高置信度复合物；针对建模结果进行评分，根据蛋白三维模型（远景+近景）结合位点分析图、清晰展示结合位点提供全面的互作细节。
B. 分子动力学模拟（Molecular Dynamics Simulation, MD）
原理：以复合物的三维结构为初始模型，采用经典力场对分子间的相互作用进行精确描述。在模拟过程中，动态追踪体系中每个原子的轨迹，细致再现相互作用过程中结合、解离、界面重构及构象变化等分子层面的复杂现象。
举个例子1
还是以2024年发表在影响因子为11.6的《The Plant Cell》上的“The transcription factor CAMTA2 interacts with the histone acetyltransferase GCN5 and regulates grain weight in wheat”为例。
使用IP-MS鉴定GCN 5相互作用的蛋白为钙调蛋白结合转录因子CAMTA 2后，使用4种独立的方法验证了GCN 5和CAMTA 2之间的物理相互作用，包括酵母双杂（Y2 H）测定（图A）、体外下拉（Pull down）（图B）、在瞬时转基因本氏烟叶片中体内免疫共沉淀（Co-IP）（图C）、双分子荧光互补（BiFC）实验（图D），表明GCN 5可以与CAMTA 2相互作用。
举个例子2
以2025年发表在影响因子为14.1的《Advanced Science》上的“GbSER02 Interacts With GhVOZ1 to Promote Fiber Elongation by Modulating Gibberellin Synthesis in Cotton”为例。
该文章发现棉花中转录因子GhVOZ 1与GbSER 02相互作用，与GA3ox1启动子结合抑制GA3的生物合成，最终揭示了GbSER 02-GhVOZ 1-GhGA 3 ox 1模块在调节纤维品质中的重要作用，并为棉花纤维发育机制提供了新的见解。
该研究使用AlphaFold筛选了GhVOZ 1，预测GbSER 02和GhVOZ 1之间相互作用的置信水平为87（如图a）。酵母双杂交（图 b）、LCA（图c）、Co-IP（图d）实验证实了这种相互作用。亚细胞定位和BiFC测定（图e，f），发现GbSER 02和GhVOZ 1在细胞质中相互作用。
注意：蛋白互作的干实验通常需要配合湿实验进行验证
不同蛋白互作验证实验技术对比
蛋白互作实验选择直接决定数据可靠性，不同技术在“真实性 - 通量 - 分辨率”上各有侧重。
新手不用慌！记住这个逻辑：先“撒网捕捞”找候选互作蛋白，再“精准验证”排除间接干扰，最后“现场取证”看活细胞里的真实状态。每一步都有明确的技术工具，跟着流程走，蛋白互作研究就能从0到1轻松入门～
我们针对性打磨了“蛋白互作研究全流程套餐”—— 从干实验的AI预测到湿实验的核心验证，新手也能少走3个月弯路。
文献doi：
10.1093/plcell/koae261
10.1002/advs.202417578
细胞内的每一次精准调控，也都离不开蛋白与核酸的 “默契协作”。它们是基因表达的 “开关”，是 DNA 修复的 “工程师”，更是疾病发生的 “关键推手”。
