作者：ahworld
链接：生信工程师的自我修养
来源：微信公众号-seqyuan
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scanpy中的单细胞堆叠小提琴图一般是纵向的，每一行代表一个亚群，每一列代表一个基因：
我们经常从单细胞文章里看到这种横向的小提琴图很美观，无论Seurat还是scanpy都没有办法直接实现
我打算自己实现它：先从scanpy源码中找到画堆叠小提琴图的函数stacked_violin，然后拷贝出来重构，命名为stacked_violin_t。
最后做成一个python包命名为scanyuan，上传到github和PYPI，可以用
pip install scanyuan安装这个包。
下面的代码：读入数据，并用scanyuan中的stacked_violin_t方法实现文章的横向堆叠小提琴图，
import scanpy as sc
import scanyuan as scy
# 此处示例为读取loom文件，也可以是其他scanpy支持的数据格式
adata = sc.read_loom("/Users/yuanzan/Desktop/tmp/sdata.loom", sparse=True, cleanup=False, X_name='spliced', obs_names='CellID', var_names='Gene', dtype='float32')
marker_genes = ['Stfa1', 'Ngp', 'Ccl5', 'Ccl4', 'BC100530', 'Gzma', 'Gata2', 'Cd74']
ax = scy.stacked_violin_t(adata, marker_genes, figsize=[8,4], groupby='ClusterName')
下图为效果展示：
