用Read10X函数时报错Error in Read10X(folder) : Barcode file missing. Expecting barcodes.tsv.gz

用Read10X函数时报错Error in Read10X(folder) : Barcode file missing. Expecting barcodes.tsv.gz,如下

报错后检查文件,存在barcodes文件,如下


后面发现是因为Read10X函数期望读入的是通过早期版本的10X Genomics Cell Ranger软件(<3.0)处理的scRNA序列的文件名(barcodes.tsv,genes.tsv,matrix.mtx),我把features.tsv重名为genes.tsv之后代码运行正常。

参考:Read10X(data.dir = "~") error: Barcode file missing. Expecting barcodes.tsv.gz · Issue #6632 · satijalab/seurat · GitHub                  

seurat/R/preprocessing.R at master · satijalab/seurat · GitHub

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。

推荐阅读更多精彩内容