问题：

    WES 分析中，在标记重复reads这一步出现如下错误：

Exception in thread "main" htsjdk.samtools.SAMException: Value was put into PairInfoMap more than once

解决：

    比对完毕的bam文件中存在 unpaired reads，需要对这一步进行过滤后重新标记，bwa比对完毕以后通过samtools进行过滤，代码如下：

代码：samtools view -f 0x2 -b in.bam > out.bam

随后重新进行排序和MarkDuplicates，无报错。

参考：

    https://bioinformatics.stackexchange.com/questions/19271/how-to-remove-the-unpaired-reads-in-sam-bam-files

    https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/community/posts/4408717387803-SAMException-Value-was-put-into-PairInfoMap-more-than-once