PS:本人今年4月份就安装了HiCUP,但由于运行时一直有问题,直到9月份才解决了这个bug。
HiCUP的安装非常简单,只需要从官网下载安装包,解压后赋予执行权限即可
官网链接:https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/hicup/read_the_docs/html/index.html#installation
但是当我运行HiCUP时,遇到以下bug:
Can't load '/home/user/anaconda3/envs/python3/lib/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi/anto/Fcntl/Fcntl.so' for module Fcntl: /home/user/anaconda3/envs/python3/lib/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi/auto/Fcntl/Fcntl.so: undefined symbol: Perl_xs_boot_expilog at /home/user/anaconda3/envs/python3/lib/5.26.2/XSLoader.pm line 96.
at /home/user/anaconda3/envs/python3/lib/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi/Fcntl.pm line 66.
Compilation failed in require at /home/user/anaconda3/envs/python3/lib/5.26.2/File/Temp.pm line 15.
BEGIN failed--compilation aborted at /home/user/anaconda3/envs/python3/lib/5.26.2/File/Temp.pm line 15.
Compilation failed in require at ./hicup line 6.
BEGIN failed--compilation aborted at ./hicup line 6.
贴个图
在Google中检索后,发现没什么人遇到这样的问题,只有一个Biostars上的帖子,在使用SCRMshaw时遇到的类似的问题,但没有给出解决方案。
https://www.biostars.org/p/379074/
后来,偶然在HICUP的解压目录下看到了一个install文件,里面居然记录了安装日志,并给出了解决方案!!![图片上传中...(image-20230908102105321-1694140621133-5.png-d9a4a3-1694141179209-0)]
就是这个红框标出的install文件
大概内容是说,Fcntl模块最新版1.15至少需要perl-5.36.1版本。
但我之前用conda安装的perl版本为5.26.2,所有需要升级perl
于是这次手动安装perl,流程为下载源码,解压后make,修改环境变量即可。
Perl下载官网链接:https://www.cpan.org/src/README.html
wget https://www.cpan.org/src/5.0/perl-5.38.0.tar.gz
tar -xzf perl-5.38.0.tar.gz
cd perl-5.38.0
./Configure -des -Dprefix=$HOME/localperl
make
make test
make install
至此,从4月到9月,终于可以使用HiCUP了!!!