作者，Evil Genius
10X HD的文章，这是第一篇实验类的文章，还是华中科技大学发表的，相当厉害。应该是在烈冰做的。
人生得意须尽欢，莫使金樽空对月。
从目前来看，做华大Stereo-seq、HD这种高精度平台，分析策略二选一，要么做细胞分割，要么单细胞空间联合。
基质细胞和免疫细胞之间复杂的相互作用在各种生物和病理过程中起着至关重要的作用。在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中，许多患者的上呼吸道炎症是由TH2、ILC2和嗜酸性粒细胞驱动的，因此需要糖皮质激素和抗2型炎症生物制剂治疗。对这些疗法的耐药性通常与中性粒细胞炎症有关，这在CRSwNP中也被广泛发现，但潜在的机制尚不清楚。通过单细胞分析、空间转录组学和T细胞受体测序，我们发现颗粒酶K+ (GZMK+) CD8+ T细胞在NPs中的存在增加，其具有不同于细胞毒性GZMB+效应CD8+ T亚群的表型。
知识积累
慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）是一种多因素和异质性疾病，其特征是鼻腔黏膜慢性炎症，导致鼻息肉（NP）的形成。生物制剂的发现，耐药现象的产生。
整合了scRNA-seq，单细胞T细胞受体测序（scTCR-seq）和空间转录组学（ST）来分析CD45+淋巴细胞的转录组，特别关注CD8+ T细胞及其在CRSwNP鼻黏膜中的空间相互作用。
分析一、对照组和CRSwNP患者的免疫细胞组成不同
免疫细胞的定义，CD4+ T （CD3D、CD3E、CD8A和CD8B）、CD8+ T （CD3D、CD3E、CD8A和CD8B）、γδT （TRDV2和TRGV9）、自然杀伤（NK）细胞（TYROBP、FCGR3A和NKG7）、B细胞（CD79A和MS4A1）、ILC2s （IL7R、GATA3和PTGDR2）和骨髓细胞（CD14、CD68和TPSAB1）。
分析二、具有独特转录程序的GZMK+CD8+ T细胞在鼻息肉中与对照组织相比增加
CD8+ T再分群。
分析三、GZMK+CD8+ T细胞是NPs中GZMK的主要细胞来源
分析四、NPs中GZMK+CD8+ T细胞与成纤维细胞间的串扰
10X Visium分析
Squidpy邻域富集分析
点内和点间都表明这两种细胞类型在空间上接近，而其他点则表明两种细胞类型之间存在明显的物理接近。
10X HD数据分析（16 × 16 µm bin分析），采用的是单细胞空间联合分析的策略（RCTD）。
通过Squidpy对Visium HD数据进行邻域富集分析
于Visium HD数据的配体受体分析揭示了GZMK+ CD8+ T细胞与成纤维细胞之间通过CXCR4-CXCL12轴的细胞通讯。
分析五、GZMK+CD8+ T细胞促进成纤维细胞的促炎表型，并与NPs中的中性粒细胞炎症有关
空间距离分析
分析六、CD8+ T细胞的克隆关系及发育轨迹
scTCR-seq
分析七、慢性炎症中GZMK+CD8+ T细胞的扩增以及通过CXCR4-CXCL12轴与成纤维细胞的相互作用
看看核心方法
抗原表位预测
visium数据的邻域富集分析
visium HD数据分析
