Linux基础使用

1.后台命令

nohup和&

nohup该命令可以在你退出帐户/关闭终端之后继续运行相应的进程，就是不挂起的意思( no hang up)
&命令在后台运行，即结果不输出到屏幕，并非是提交到服务器

nohup STAR --runThreadN 3 --runMode genomeGenerate --genomeDir ~/mouse/reference/index/mm10/ --genomeFastaFiles ~/mouse/reference/GRCm38.p6.genome.fa --sjdbGTFfile ~/mouse/annotation/gencode.vM20.annotation.gtf --sjdbOverhang 100 &

2.查看某个用户正在运行的任务

ps -u xjqi

3.读取压缩包中文件

压缩包来自GEO数据，有些情况下载GSExxx后，是没有表达矩阵的：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE126789

image.png

• 在R里层级读取文件也是可以的，我这边在Linux中处理了一下，很方便；
• 下载了压缩包之后传输到服务器；

也不知道是不是多此一举？？？

image.png

####创建文件夹进行操作
mkdir GSE126789_RAW
####进行解压缩，可根据自己的文件进行相应解压命令的修改
for tar in *.tar;  do tar xvf $tar; done

解压前

解压后

列出所有的GSM文件，方便之后进行循环读取

ll|grep 'GSM'|cut -d ' ' -f 10 ->file.txt

file.txt

循环读取文件，得到目的的列

####echo 文件名重定向至文件（防止将样品和counts搞乱），后将对应的counts追加至文件
cat > read.bash
cat $1|while read line
do
echo $line > $line.txt
zcat $line|cut -f 1,7 >> $line.txt
done 
###CTRL+C终止
bash read.bash file.txt
####paste即可将文件以列进行合并了
paste GSM*.gz.txt > total.txt