选择R版本
当Bioconductor devel(开发)分支成为Bioconductor release(发布)分支时,包作者应针对用户可用的R版本进行开发。
R每年(通常是4月中旬)在x.y.z版本号中发布'.y'版本,但Bioconductor每6个月(4月中旬和10月中旬)发布一个.y版本(当前devel发布)。
因为Bioconductor是基于R的生信框架,所以Bioconductor包的开发对当前的R版本有限定:
- 从4月中旬到10月中旬使用当前的R发布版本
- 从10月中旬到4月中旬使用R开发版本
4月中旬到10月中旬
使用下面的命令:
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "devel")
BiocManager::valid() # checks for out of date packages
10月中旬到4月中旬
首先安装开发版本的R:
然后运行下面的命令:
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version="devel")
BiocManager::valid()