明清时期，人们意识到此书离真实的地理和历史差距甚远。胡应麟认为《山海经》为“古今语怪之祖”，清人编写的《四库全书》首次将此书列为小说家异闻类
总之主要的三种看法是：1.数术类、2.地理类、3.小说类
当然也有其他的看法，就不加赘述
现代对《山海经》性质的看法有如下几种，一种认为是古之巫术，此以鲁迅为代表。这与《汉书》将其归入数术略有相似之处；一种是传统主流观点，认为此书属于地理著作；再者就是纪昀等人的观点，视《山海经》为古今小说之祖。
对于《山海经》性质认定有分歧的原因主要在于此书的内容太庞杂，各部分作者、创作时代背景并不同。
像《山经》除了记载山的方位、理距、出产之外，还会提到哪些山是某一氏族的祖墓；哪些是帝居，即某一氏族或部落心中的天帝所居；这些山通常都给予最高的祭祀规格—以太牢为祭物。同样那些对灾异、祥瑞动植物的记载，也是为了预测的需要。
在远古时期，医生所需要的的能力，有一部是需要先民们在长期医疗经验中累积而得的实用性知识，但更多的是与神沟通的秘密能力和巫术技能。所以，巫医一家，医生往往由巫师兼任。对于书中的物产、殊方异域传闻、先帝事迹及各种神话记录，大概出于 规定各方贡物，了解周边社会，应对异族往来，传述氏族历史、解释自然现象等等种种需要，反应出巫师作为知识的传承者有解释并应对自然、社会的现象这一职能。总之，尽管《山海经》一书的内容在今人看来是没有经过类分的混杂知识，但这些确实是巫师这一职业必备的。
