感染的发生离不开微生物学和免疫学。在内镜中心的感染防控当中，我们很重视微生物学方面的因素。它可能来源于环境（空气、物表）、内镜（清洗消毒不合格致病菌超标），也可能来源于患者自身（摘除息肉的过程中自身肠道菌群造成的感染）。但对于免疫的了解特别是黏膜免疫知之甚少，现对正常的黏膜免疫做一个总结：
（一）黏膜免疫的构成
（1）肠相关淋巴组织
包括位于小肠壁的派尔集合淋巴结，散在于整个肠道的独立淋巴滤泡。派尔集合淋巴结（PP）是启动肠道免疫应答极为重要的部位。在人的小肠中约有100-200个PP, PP上皮层下的区域富含T、B淋巴滤泡以及DC细胞。此外，在大肠、小肠还遍布数以千计的独立淋巴滤泡，这些独立的淋巴滤泡当中富含B淋巴细胞。
上皮内淋巴细胞（IEL），这些细胞在免疫监视和细胞介导的粘膜免疫中发挥重要作用，IEL中主要是T细胞，40%为αβT细胞，60%为γδT细胞
（2）鼻咽相关淋巴组织
由腭扁桃体、腺样体和舌扁桃体组成的韦氏环。
（3）支气管相关淋巴组织
分布于呼吸道、各肺叶的支气管上皮下，由淋巴细胞聚集的滤泡构成，其中肺泡巨噬细胞和黏膜下DC细胞发挥重要的免疫功能。
（二）固有免疫
（1）屏障作用
黏膜上皮细胞构成了物理屏障，黏膜上皮细胞分泌一些抗菌肽、防御素起到了抗菌作用构成了化学屏障，而在上皮细胞粘液层定居了大量的正常菌群构成了微生物屏障。
其中在呼吸道中，上下呼吸道的菌群构成是类似的，但是下呼吸道的菌量比上呼吸道少很多，但也并非完全是无菌状态。在胃肠道中，由于胃的PH较低，其酸度使的微生物数量＜103-106，在空肠和回肠增加到105-108/g，在乙状结肠和直肠中，每克内容物大约有1011个细菌。
（2）补体作用
一旦微生物突破屏障后，如果是细菌，补体的替代途径活化，协助抗菌。
（3）固有免疫细胞
屏障一旦被突破，在趋化因子的作用下，中性粒细胞、巨噬细胞过来进行吞噬，而DC细胞承担了固有免疫和适应性免疫的桥梁。
在黏膜上皮内的淋巴细胞是分布在上皮间的较小淋巴细胞，广泛分布在皮肤、大小肠上皮、肺、上呼吸道及生殖道等。肠道上皮内淋巴细胞几乎全部是T细胞，主要分布在覆盖PP的上皮组织中，多为γδT细胞，约80%呈现CD8表型，但只分泌少量的细胞因子。
（三）适应性免疫
（1）免疫耐受与免疫调节
免疫的本质就是区分异己和本己，那为什么免疫系统不对肠道中的共生菌应答？免疫应答与免疫系统的成熟度、抗原的剂量、抗原的结构、抗原进入体内的途径等因素有关。在人体的胚胎时间免疫系统的构建过程中，免疫系统是不可能接触到共生菌的一系列抗原的，也就是说免疫细胞是不可能对这些共生菌先天免疫的。另一个事实就是一旦场内菌群入血，机体的适应性免疫也会启动应答。而且肠道PP内的DC、M细胞也会内吞肠腔的共生菌进行识别，DC进行识别后提呈给CD4 T细胞活化，因此，在肠黏膜固有层有很多活化的效应T细胞。在黏膜固有层CD4和CD8T细胞的比例大约为3:1.固有层多见效应性Th1和Th17细胞，在正常的肠道内可产生大量的细胞因子如IL-5,IL-7、IFN-γ。，这些细胞因子在维持上皮早期的屏障功能有着重要作用。当然这些细胞因子还有进一步增殖CD4T 细胞的作用，当事实上却没有发生，肠道一直处于平衡当中，这是什么原因呢？
在肠道淋巴组织中的DC有两种亚群，一群表达CD103,一群表达CD11b，它们在提呈共生菌抗原时候，分泌了TGF和维甲酸，这两种细胞因子可促使初始T细胞往调节性T细胞分化，调节性T细胞可通过多种机制发挥负面的免疫调节作用。因此，在正常的生理状态下，一上一下的作用使肠道处在了一个平衡当中。
但当肠道出现病理情况，比如屏障功能破坏，这意味着局部的免疫微环境改变也就是细胞因子环境改变，导致往调节性T细胞分化的方向削弱，正向调节的方向增强，出现应答。
更有意思的是，当免疫应答结束后，这些效应T细胞、B细胞经血液循环再分布，分布在各个黏膜淋巴组织当中。比如经呼吸道接种的减毒流感活疫苗，也可在肠道、生殖道也会有相应的效应T细胞、B细胞。
