breakdancer 是一款结构变异检测软件， 专门针对双端测序数据进行开发，github地址如下：
GitHub - genome/breakdancer: SV detection from paired end reads mapping
安装过程如下：
git clone --recursive https://github.com/genome/breakdancer.git
cd build-common/
cmake .. -DCMAKE_BUILD_TYPE=release -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local
make
安装过程大约需要几分钟，安装结束后，在/breakdancer/build-common/bin目录下会产生breakdancer-max的二进制可执行文件，输入命令./breakdancer-max会显示Usage，表示breakdancer-max安装成功。
在执行breakdancer-max之前会需运行perl目录下的bam2cfg.pl生成配置文件。该程序依赖其他perl的模块。
如果在服务器中执行该命令涉及无root权限安装perl模块，其方法可参照：
非[无]root权限 服务器 下安装perl以及perl模块 - nkwy2012 - 博客园
简言之，在自己的目录下安装perl，修改路径文件并更新。使用cpan安装模块。
1.下载perl，并解压，进入目录。
2../Configure -des -Dprefix=/home/zilhua/software/perl-5.18.0 -Dusethreads
3.make（时间久）
4.make install
5.vim ~/.bashrc
6. export PATH=/home/zilhua/software/perl-5.18.0/bin:$PATH
7.source ~/.bashrc
8.cpan后，install需要的模块。
运行bam2cfg.pl显示Usage。若再次使用bam2cfg.pl还是显示没有模块，则重新source ~/.bashrc即可。
运行bam2cfg.pl报错，修改该文件66行，添加samtools的绝对路径。
bam2cfg.pl -g -h Sample.sorted.rmdup.bam >Sample.cfg
重新运行bam2cfg.pl，生成三个文件，其中cfg结尾的文件为配置文件。
生成三个文件，其中cfg结尾的文件为配置文件，内容如下：
readgroup:NA platform:illumina map:S1900045876-Tumor_G556_G556K141.sv.sorted.rmdup.bam readlen:147.10 lib:NA num:9991 lower:0.00 upper:699.01 mean:269.75 std:87.10 SWnormality:-56.76 flag:0 exe:samtools view
运行breakdancer-max，生成ctx文件。
/home/jjkang/jjkang/tools/breakdancer/build-common/bin/breakdancer-max -q 10 S1900045876-Tumor_G556_G556K141.cfg > breakdancer.ctx
1-3列和4-6列被用来指定两个SV断点的坐标。
一列为染色体chr，一列为位置pos，一列为方向orientation，正负号代表reads比对到anchoring区域的方向，数字代表比对到这个位置的reads数目。
第7列表示SV的类型，
分别有：DEL (deletions), INS (insertion), INV (inversion), ITX (intra-chromosomal translocation,异位发生在同一条染色体内), CTX (inter-chromosomal translocation,易位发生在两条同源或非同源染色体之间), and Unknown.
第8列表示SV的大小，可以忽略正负号的意义，对染色体间易位无用。
第9列可信度得分。
第10列支持该SV的reads数目。
第11列，library中支持该SV的reads数目
第12列run parameter
