2024-11-07 Notung踩坑记录

2.9.1.5版本 貌似不需要修改基因树名字为gene_species格式了 也不需要修改物种名A_b为A-b，直接运行就可以？？？
for i in ../Gene_Trees/*;do java -jar /PATH/.Software/Notung/Notung-2.9.1.5.jar --reconcile $i -s species.tree.nwk --treestats --savepng ;done

一般都是使用Orthofinder的结果。(以前的文献中经常会提到orthoMCL之类的算法，尝试过安装，比较劝退，问过师兄也说orthofinder就够用了）比如上面的命令就是OrthoFinder/Results_Dec18 下面的文件夹Gene_Trees或者Orthogroup_Sequences。已经把同源基因进行分类了。上面这个就是批量运行的命令。
species.tree.nwk可以初步使用Results_Dec18/Species_Tree/SpeciesTree_rooted.txt reroot的结果

结果会直接生成图片 但是目前还不知道怎么调整字体大小等等。

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