2022-09-01

目的：处理fastq文件中的空白序列，第二行和第四行为空白，将空白以及所在序列都删除。
逻辑：以两行为一个整体，当输入文件第二行为空白的时候，则将空白和空白的上一行都删除；若第二行不是空白，就输出

#!/usr/bin/perl
use strict;

#input
defined $ARGV[0] or die "perl fastq_filter.pl input.fastq\n";

#read fastq and filter

my @lines;
my $line;
my $line_number;

open IN,"<$ARGV[0]" or die "open file $ARGV[0]\n";
while (<IN>) {
   chomp $line;     ##
   $line_number +=1; ##当输入文件时，行号显示
   push @lines,$line;
   if ($line_number %2 == 0 ) {
       if ($line ne "") { ##不等于空白
           print "$lines[0]\n$lines[1]\n";  ##输出
             }
         @lines = (); ##清空数组 
     }
}
close IN;