20210315rna-seq学习日记-Mac

1 安装所有的miniconda以及bioconda相关软件

https://www.jianshu.com/p/e8cd62ba14fe

目录如上

2 下载需要的程序（这里已有需要分析的seq  fastq原始文件）

需要下载请参考

https://www.jianshu.com/p/8dca09077df3

今天只选择了wget 方式ftp的缓慢下载，之后有速度要求可以参考

3 sra到fastq格式转换

https://www.jianshu.com/p/facb4a1e5927

（此处已有原始fastq文件）

使用fastq-dump将网站下载的sra转换为fastq格式，并且查看fastqc质量

中文简介

https://www.jianshu.com/p/14fd4de54402

（注意：Fastq格式是一种基于文本的存储生物序列和对应碱基（或氨基酸）质量的文件格式。最初由桑格研究所（Wellcome Trust Sanger Institute）开发出来，现已成为存储高通量测序数据的事实标准。）

【用法：fastqc [-o output dir] [--(no)extract] [-f fastq|bam|sam] [-c contaminant file] seqfile1 .. seqfileN参数：-o 输出目录，需自己创建目录--(no)extract 是否解压输出文件，默认是自动解压缩zip文件。加上--noextract不解压文件。-f 指定输入文件的类型，支持fastq|bam|sam三种格式的文件，默认自动识别。-t 同时处理的文件数目。-c 是contaminant 文件，会从中搜索overpresent 序列。】

简单的（单文件）处理

#将所有的数据进行质控，得到zip的压缩文件和html文件

fastqc -o .  *.fastq.gz

注意：-o后面有空格，表示输出到当前文件夹，之后的.后也有空格

批量输出请持续在后方添加n*.fastq.gz

复杂的（多文件）QC结果显示

# 进入存放QC结果的文件夹，并执行multiqc

cd ~/disk2/data/QC

# 扫描结果文件，忽略html文件

$ multiqc /data/*fastqc.zip --ignore *.html

# 最后会默认生成一个名为multiqc_report.html文件，用浏览器查看，具体看青山屋主的介绍。

http://fbb84b26.wiz03.com/share/s/3XK4IC0cm4CL22pU-r1HPcQQ1iRTvV2GwkwL2AaxYi2fXHP7