关键词：祖先多态。
假设有两个连续分支事件发生，一开始产生了物种 A，然后是物种 B 和物种 C。
现在，假设ABC的祖先携带了我们所研究基因的2个不同的单倍型，可能凑巧在物种A中固定了单倍型1（另一个单倍型在遗传漂变中丢失），而单倍型2在BC的共同祖先中固定，然后进一步分化为了单倍型2a和2b。
这个时候建树，该基因的基因树恰好反映了这3个物种之间的物种树，这个时候就不存在不完全谱系分选。
但是，如果BC的共同祖先仍然存在多态性，即既有单倍型1又有单倍型2，那么这2个单倍型可能在3个物种内随机固定，即亲缘关系最近的物种所继承的并不一定是进化关系最近的单倍型。
这就叫不完全谱系分选，会造成物种树和基因树之间冲突。
尤其适应性辐射中，不完全谱系分选极容易发生，古老的适应辐射会造成无法解析它们之间的系统发生关系。
