进入存放fasta序列的文件夹下
当前目录
for i in *.fasta;do prokka $i \
--prefix ${i%.fasta*} \
--outdir prokka_annotation/${i%.fasta*} \
--centre X --compliant \
--kingdom Bacteria --cpus 12;
done
--prefix 输出文件名前缀
--outdir 输出文件夹
--kingdom 注释模式 {Archaea|Bacteria|Mitochondria|Viruses}，默认细菌
--cpus 调用线程数量
运行结束后会在该目录下生成一个prokka_annotation的文件夹，所有注释文件都在该文件夹下。
结果文件夹
结果文件
