一、 安装 R 基础环境
如果还没有安装 R，请先安装 R 的基础环境。在大多数 Linux 发行版中，可以通过包管理器来安装 R。
① 对于 Ubuntu/Debian 系统：
1. 更新包列表：
sudo apt-get update
2.安装 R 基础包：
sudo apt-get install r-base
② 对于 CentOS/RHEL 系统：
1. 安装 EPEL 仓库（如果尚未安装）：
sudo yum install epel-release
2. 安装 R：
sudo yum install R
二、 启动 R 环境
R
这将启动 R 交互式环境，就可以在其中执行 R 命令。
三、以 Ubuntu 18.04系统为例，在安装好系统后，按照以下的步骤来安装 R 和相关的 R 包：
1、 安装 R 基础环境：在 Ubuntu 系统上，可以使用以下命令安装 R（或者看上一个更新R环境的日记，把版本更新，就可以安装很多R包）：
sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base
2、启动 R 环境并安装 R 包：启动 R 环境：
R
3、 然后在 R 中安装您需要的 R 包：
install.packages("ape")
install.packages("ggplot2")
安装ggtree：
首先，确保你已经安装了 Bioconductor：
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("ggtree")
注意：
① 如果你希望将包安装到系统目录，并且有管理员权限，可以使用sudo命令来赋予权限，或者将R包安装路径指定为可写的目录。 例如，可以通过install.packages()命令的lib参数指定一个可写的目录，或将R配置为默认安装到用户目录。
例如：install.packages("ape", lib = "~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4")
② 当系统没有写权限时，R会尝试使用个人库安装。可以在命令行确认是否选择了y（是）来创建个人库。
四、 可以使用以下几种方法来，检查当前安装的 R 包：
① 运行以下命令会列出当前 R 环境中所有已安装的包：
installed.packages()
这将返回一个包含所有已安装包的信息矩阵。可以从中提取包的名称，使用以下代码仅显示包的名称：
installed.packages()[, "Package"]
② 如果你想检查某个特定包是否已经安装，可以使用require()或library()函数。如果包未安装则会给出相应的警告或错误信息。
# 使用 require() 检查包是否已安装
if (!require("ggplot2")) {
print("ggplot2 没有安装")
} else {
print("ggplot2 已安装")
}
# 或者使用 library()
library(ggplot2)
如果包没有安装，require()会返回FALSE，而library()会抛出错误信息。
③ 如果你想知道某个包的版本信息，可以使用packageVersion()函数：
packageVersion("ggplot2")
如果包已安装，它会返回包的版本号；如果没有安装，则会报错。
④ 如果你想查看某个包的所有依赖项，可以使用packageDescription()函数：
packageDescription("ggplot2")
这将列出该包的详细信息，包括依赖项。
⑤ 检查特定包是否已安装
# 提取已安装包的名称
installed_pkg_names <- installed.packages()[, "Package"]
# 查看是否安装了"ape"包
"ape" %in% installed_pkg_names
如果输出TRUE，说明已安装"ape"包；如果是FALSE，则说明未安装该包。
总结：
installed.packages()查看所有安装的包。
require()或library()检查特定包是否安装。
packageVersion()查看已安装包的版本。
packageDescription()查看包的详细信息。
五、退出 R 环境：
q()
回车键
这样就能确保您的系统上安装了必要的 R 包，并准备好运行代码，比如绘图代码。
生物信息学领域非常广泛，难以一次说尽。我们下次继续更新，一起深入学习生物信息学的内容！
喜欢的宝子们点个赞吧~码字不易，且行且珍惜~
