R和monocle包的版本不兼容

monocle包(2.24.1)的orderCells报错广为人知,但我在跑estimateSizeFactors()函数时候也遇到了报错


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这个报错非常小众,全网都比较难找到,Github和Google都没找到,只是在简书上也看到了一个遇到同样问题的同学



但是并未有任何回答

最开始,我也觉得是2.24.1版本的报错,于是我在Bioconductor官网上下载了2.20.1版本,因为在服务器上普通用户不可以修改libPaths里面的公共R包,我就建立了一个personal library来存放下载的低版本monocle
但2.20.1版本有bug,经过查询2.21.1是大家推荐的

于是我就安装了2.21.1的monocle

download.file("https://www.bioconductor.org/packages/3.14/bioc/src/contrib/Archive/monocle/monocle_2.21.1.tar.gz","monocle_2.21.1.tar.gz")
install.packages("monocle_2.21.1.tar.gz",repos=NULL)

然而,事情并不如意


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这个报错仍然在2.21.1版本中发生

于是我就去请教了jimmy老师和他的小伙伴
老师们提醒我可以试试用conda安装更低版本的r

我就开始了安装4.1.3版本的r的漫漫长路

因为我平时用的网页版r,对命令行学得很皮毛


image.png

一开始遇到的这个报错很常规,主要是.condarc里面混入了defaults
当我把defaults去掉后


image.png

发现居然还是一样的错误!

最后请教了老师,老师说这是因为我错用了anaconda3
实际上平时我们都常用miniconda
原来真相在这里!


image.png

果然,miniconda顺利地安装了下来
至于anaconda3,老师说可能是版本不兼容或者下载的来源不正确

所以,monocle这里,真的有太多学问和纠结了!
感谢生信技能树,不然我估计再想一周也想不明白

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