《灵枢·九针十二原》：“所出为井，所溜为荥，所注为腧，所行为经，所入为合，二十七气所行，皆在五腧也。”古人把经气运行过程用自然界的水流由小到大，由浅入深的变化来形容，把五输穴按井、荥、输、经、合的顺序，从四肢末端向肘、膝方向依次排列。“井”穴多位于手足之端，喻作水的源头，是经气所出的部位，即“所出为井”。“荥”穴多位于掌指或跖趾关节之前，喻作水流尚微，萦迂未成大流，是经气流行的部位，即“所溜为荥”。“输”穴多位于掌指或跖趾关节之后，喻作水流由小而大，由浅注深，是经气渐盛，由此注彼的部位，即“所注为输”。“经”穴多位于腕踝关节以上，喻作水流变大，畅通无阻，是经气正盛运行经过的部位，即“所行为经”。“合”穴位于肘膝关节附近，喻作江河水流汇入湖海，是经气由此深入，进而会合于脏腑的部位，即“所入为合”。
中医应用
1、五输穴与五行
五输穴又配属五行，《灵枢·本输》指出阴经井穴属木，阳经井穴属金。《难经·六十四难》补全了阴阳各经脉五输穴的五行属性，即“阴井木，阳井金；阴荥火，阳荥水；阴俞土，阳俞木；阴经金，阳经火；阴合水，阳合土”，均依五行相生的顺序。同时，又按阴阳相合，刚柔相济的关系，将阴井乙木与阳井庚金配合起来，成为子午流注针法按时取穴及合日互用开穴规律的理论基础。
2、五输穴的临床应用
五输穴是常用要穴，为古今医家所重视。临床上如井穴可用来治疗神志昏迷；荥穴可用来治疗热病；输穴可用来治疗关节痛；经穴可用来治疗喘咳；合穴可用来治疗六腑病症等。这就是《灵枢·顺气一日分为四时》提出的“病在藏者取之井；病变于色者取之荥；病时间时甚者取之输；病变于音者取之经；经满而血者，病在胃，及以饮食不节得病者，取之于合”。《难经·六十八难》则说“井主心下满，荥主身热，俞主体重节痛，经主喘咳寒热，合主逆气而泄”。此外，还有根据季节因时而刺的记载，如《难经·七十四难》指出：“春刺井，夏刺荥，季夏刺俞，秋刺经，冬刺合”。也可根据《难经·六十九难》“虚者补其母，实者泻其于”的理论，按五输穴五行属性以生我者为母，我生者为子的原则进行选穴，虚证选用母穴，实证选用子穴。这就是临床上所称的补母泻子法，如肺属金，虚则取太渊(土)，实则取尺泽(水)等。
3、五输穴总汇
井穴：少商(肺)、商阳(大肠)、厉兑(胃)、隐白(脾)、少冲(心)、少泽(小肠)、至阴(膀胱)、涌泉(肾)、中冲(心包)、关冲(三焦)、足窍阴(胆)、大敦(肝)。
荥穴：鱼际(肺)、二间(大肠)、内庭(胃)、大都(脾)、少府(心)、前谷(小肠)、足通谷(膀胱)、然谷(肾)、劳宫(心包)、液门(三焦)、侠溪(胆)、行间(肝)。
输穴：太渊(肺)、三间(大肠)、陷谷(胃)、太白(脾)、神门(心)、后溪(小肠)、束骨(膀胱)、太溪(肾)、大陵(心包)、中渚(三焦)、足临泣(胆)、太冲(肝)。
经穴：经渠(肺)、阳溪(大肠)、解溪(胃)、商丘(脾)、灵道(心)、阳谷(小肠)、昆仑(膀胱)、复溜(肾)、间使(心包)、支沟(三焦)、阳辅(胆)、中封(肝)。
合穴：尺泽(肺)、曲池(大肠)、足三里(胃)、阴陵泉(脾)、少海(心)、小海(小肠)、委中(膀胱)、阴谷(肾)、曲泽(心包)、天井(三焦)、阳陵泉(胆)、曲泉(肝)。
