不知不觉已经进入第3天的学习计划了，本节课主要内容为conda工具安装软件，话不多说，现在就让我们开始吧！

什么是conda

先引用生信星球的通俗解释

1. 简单介绍一下历史知识
   conda是大Boss，最初为管理python包而建立，它是一个大的涵盖许多领域的软件包管理器。
   anaconda是总管，职务比conda低，但干的活不少，也是个有内涵的家伙
   miniconda是区域经理，说白了就是干事的，而且比较专一，主要负责生信领域

可见conda更像是一个软件库，正如花花所说其实就是linux的app store；
而其中miniconda就是为生信领域服务的，所以此次也是以miniconda为例。

下载miniconda

这是为后续安装软件做准备工作：
清华镜像网站
通过镜像网站可以找到需要的miniconda（国内的镜像速度还是挺快的）

连接好服务器后输入命令 uname -a（查看服务器位数）

找到最新版本（latest，以“.sh”为结尾的）

复制下载链接
wget命令用以下载miniconda

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

下载成功

安装miniconda

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh然后开始安装，中间按提示完成操作，如按Enter，或输入yes。（一路enter/yes就好）

如此就是安装完成

安装后需要输入source ~/.bashrc来激活conda
然后执行conda，会显示相应信息。

下载软件

先添加镜像(感谢生信星球豆花两位前辈的指导！)：

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

conda list可以查看软件列表

conda search 软件名 搜索想要下载的软件
conda install fastqc -y自动安装软件（以fastqc为例）
conda remove fastqc -y删除软件（与windows卸载一样）

conda环境

我们可以按照自己不同的需求，建立不同的conda环境，这样方便我们的使用。
conda info --envs:查看当前conda环境数量
conda creat -n rna-seq python=3 trimmomatic:建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic。
activate conda rna-seq:激活环境
输入软件名如fastqc会显示该软件的信息，表明可以使用。

conda环境

环境的存在是为了便于彼此独立地进行不同生信项目，不用反复安装及卸载还是很方便的！
今天的软件安装的学习就先到这了，坚持下去，还需继续加油啊！