写在前面
今天处理一些GEO数据集时，发现有些GEO数据集没有提供counts文件，这不重要，可以通过rawdata文件获取这些信息，但是这些数据集竟然下载不到基因注释文件，于是试了一下非常古老的方法取进行分析：Analysis with GEO2R。
image.png
Step1
点击define groups，设置好分组以后，直接开始分析就可以了。
image.png
Step2
分析结果如下图，是一些常规的转录组分析结果。下面是差异基因，基因都已经被注释好了。然后点击R script，界面展示的是R语言代码。
image.png
image.png
如上图，GEO2R使用的是DESeq2包进行的差异分析。
提供了count文件的下载地址和基因注释文件的下载地址，复制到rstudio里运行就可以了。
复制粘贴这些代码时会报错，可能是因为网速问题。根据错误提示，把链接粘贴到浏览器下载后重新读取就可以了。
如果下载基因注释文件时遇到同样的错误，按照同样的操作就可以了。
image.png
此数据的文件：
counts文件：GSE55492_raw_counts_GRCh38.p13_NCBI.tsv.gz
注释文件：Human.GRCh38.p13.annot.tsv.gz
有了以上数据之后，就可以进行接下来的分析了。
