顺式作用原件：
DNA序列，位于基因序列的上游或下游，不编码蛋白，仅提供作用位点
「启动子，增强子，调控序列」
反式作用原件：
调控基因表达的蛋白质分子
「GTF，TF，activators」
染色体与转录
核小体中的组蛋白的N尾巴可被共价修饰（乙酰化、甲基化、磷酸化、泛素化）
> H3K9A，即第九位赖氨酸乙酰化，消除原先赖氨酸所带的 + 电荷，导致带 - 电荷的DNA链与组蛋白无法紧密联系，使两者的结合松散，暴露DNA元件，TF乘机与之结合
> 染色质重塑因子 Swi/Snf以ATP依赖的方式将核小体从启动子路径上清除
> 组蛋白修饰可募集其他activator，co-activator
「去甲基化+乙酰化=激活」
「甲基化+去乙酰化=抑制」
转录完成后，染色体重新聚集（去乙酰化酶复合物HDAC，染色质重塑因子）
转录因子：
N－「DNA结合模块」－二聚化模块－「激活/阻遏模块」－调节模块－C
其中「DNA结合模块」与「激活/阻遏模块」是必须存在的
DBD（DNA结合结构域）常见结构：
>锌指结构 >螺旋-转角-螺旋结构 >亮氨酸拉链
• GTF：广泛转录因子
• activator/repressor：序列专一性转录因子
• co-activator：无序列专一性，由activators招募
RNA Pol II的基础转录因子
TFIID：结合TBP（TATA-box结合蛋白）与TAFs（TBP相关蛋白），结合核心启动子，激活蛋白，作为转录起始前复合物组装的第一步「TFIID不仅可以结合核心启动子元件，也可以识别乙酰化组蛋白，H3K4me3」
TFIIA：体外提高TBP与DNA的亲和力
TFIIB：结合TBP与BRE
RNA Pol II：两个大亚基和八个小亚基。最大亚基的羧基端结构域CTD由7个氨基酸重复单位
TFIIF：两个亚基，结合RNA Pol II，在转录起始与延伸中起作用
TFIIE：两个肽链，介导TFIIH组装入PIC时必须
TFIIH：具有解旋酶和磷酸化酶活性，在起始转录时磷酸化CTD的Ser5
转录起始前复合物PIC：DNA>TFIID>「TFIIA」>TFIIB>TFIIF/RNA Pol II>TFIIE>TFIIH 「TFIIA可在任意步骤中加入」
Enhancer
激活promoter，仅在空间距离较近时，增强转录（例如蛋白桥，嵌套连锁）
>PIC需借由co-activator与enhancer在空间上接近，促进转录
「以染色体为模板的转录受到染色体本身的抑制」
>多数activators不能结合核小体中的DNA序列
>GTF（例如TBP）不能结合核小体DNA
>activator + Pol II + GTFs只起始裸露DNA转录，位于染色质中未被暴露的DNA不与其作用
>延伸Pol II在遇到的第一个核小体处驻留
「以上情况需要co-activators」
Co-activator
无序列专一性，由activators招募
可分为：
> 染色质co-activator：
• 组蛋白乙酰化转移酶GCN5「组蛋白乙酰化，移走组蛋白尾巴」
• Swi/snf使染色质重塑「以ATP依赖方式调控染色质结构，允许TF结合，Pol II组装」
> mediator：与Pol II和很多其他因子相互作用的多亚基蛋白复合物，将enhancer与promotor拉近，激活转录
真核生物转录循环
PIC形成后，与enhancer结合的复合物以及各种激活因子，co-activators，mediator结合相连接，使激活转录。
TFIIH介导DNA解旋，并磷酸化RNA Pol II的CTD的第5个Ser位点，标志着转录起始。
PAF（Pol II相关蛋白）募集SET1，使H3K4me3，标记附近转录基因，招募或稳定TFIID
转录开始后，5' capping酶为转录产物5'端加帽，TFIIE和TFIIF先后解离，延伸因子P-TEFb加入，并磷酸化RNA Pol II的CTD的第2个Ser位点，作为延伸的标志。
CTD的第2个Ser位点的磷酸化募集SET2，使H3K36me，募集Rpd3S去乙酰化酶复合物，确保转录起始的保真性。
延伸过程中，剪接体对转录产物进行splicing剪接加工。
转录终止阶段，聚腺苷酸化因子与延伸复合物结合，延伸至多聚腺苷酸化信号序列切断mRNA，并进行3'端加工。
结束转录后，RNA Pol II释放，去磷酸化，进入下一轮循环。
共转录事件
>Pol II CTD磷酸化
• TFIIH-Ser5：转录早期标志
• P-TEFb-Ser2：转录延伸标志
>共转录RNA加工
• Ser5-P：5'加帽，启动子逃逸
• Ser2-P：剪接，3'末端加尾
>共转录染色质修饰
• 组蛋白乙酰化：打开染色质结构，促转录起始与延伸
• H3K4me3：标记最近转录的基因，招募或稳定TFIID
• H3K36me：招募Rpd3S去乙酰化酶复合物来确保转录起始的保真性；标记外显子以便高效剪接
