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2018.10.29

Q: gmx genion命令：往溶剂中添加离子时报错："No line with moleculetype SOL found the [ molecules ] section of file "topol.top"

A: 首先检查拓扑文件是否正确，如果在拓扑没有问题的情况下依然报错，往往可能是由于拓扑文件在Windows系统下处理过，行尾标记有问题。用dos2unix工具处理一下拓扑文件即可。

2018.11.20

Q: 到底是什么错误导致了LINCS Warning？

A: 导致LINCS Warning的错误种类很多，导致这个问题比较难排查。但本质上是由于构型不合理导致的。具体可以参看有关这篇译文。今日又发现一个导致LINCS Warning的错误：体系盒子太小！当模拟体系的盒子太小时，会导致mdrun过程中区域分解不合理，引发LINCS Warning。

2018.12.20

Q: 伞形抽样结果产生的histogram文件中只有一个峰？

A: 伞形抽样过程中挑选了几个窗口就会在histogram文件中产生几个峰，不过在用xmgrace查看图形时应使用xmgrace -nxy histo.xvg读取多列数据。

2019.07.11

Q: 使用虚原子时报错atom XX (Res XXX) has mass 0 (state A) / 0 (state B)。

A: 虚原子的质量应当设置为一个非零的极小数，一般可以设为0.001。

Q: 如何使用constraint约束原子之间的角度。

A: 在[ constraint ]中添加一对原子即可强制采用约束算法对两者之间的相对位置进行约束，LINCS算法精度更高但不会约束角度，SHAKE算法则可实现对角度的约束。对于三原子间特殊的键角可以通过添加两组constraint来实现。关于constraint的详细信息可参照sob老师的博文。

2019.07.23

Q: 运行模拟时报错：

Double sids (29, 30) for atom 3628
Double sids (29, 30) for atom 3629
Double sids (29, 30) for atom 3630
Double sids (29, 30) for atom 3631
Double sids (29, 30) for atom 3632

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Fatal error:
Double entries in block structure. Item 282 is in blocks 30 and 29 Cannot make an unambiguous inverse block.

A: 这个错误不太常见，在网上并没有查询到很多的信息。在gmx邮件列表中仅有三四个相关的问题，Justin的回答也并没有明确指出更正方法，只是指出该错误与拓扑文件以及约束设置有关，可以重点检查。详细信息参见gmx邮件列表。该问题的题主将constraints设置为all-bonds后没用再出现该错误。此处我也通过修改all-bonds解决。