控制传染病，归根结底是要先打破传播链，再防止突变体出现。在人类中，这些目标通常是通过药物干预来实现的：接种疫苗减少易感人群，以及用药物治疗疾病、缩短感染期。休养和隔离是另外两种非药物干预手段，以减少接触率，减缓传播。
畜牧业有另一种非药物干预手段：扑杀受感染的，有时甚至是易感的畜群，以阻止传播。口蹄疫(FMD，Foot-and-mouth disease)是一种具有高度传染性的家畜（如牛、羊和猪）疾病。它会导致体重下降，产奶量减少，并且通常会导致幼龄动物的高死亡率。由于这是一个重大的农业问题，与无疾病国家相比，疾病流行国家的出口市场受到限制。
这种疾病是由一种病毒引起的，且市面上有针对这种病毒的疫苗。然而，疫苗具有很强的毒株特异性，并且有许多血清型。常规血清学试验不能区分疫苗诱导免疫和感染诱导免疫。20世纪50年代中期，早期疫苗问世，在此之前，在20世纪早期，大规模扑杀是唯一选择，有时要杀死10万多头家畜，就像1914年和1924年在美国爆发的流行病一样。
考虑到当时的农场规模，这些可怕的数字是巨大的经济成本。人们可能会认为，疫苗的可用性会使干预措施的选择显而易见。然而，还要考虑经济影响。
世界动物卫生组织将国家分为三类：有口蹄疫流行病，接种疫苗无口蹄疫流行病，未接种疫苗无口蹄疫流行病。缺乏区分是因为很难区分（抗体来自）既往疫苗接种还是既往感染。野猪被认为是接种了疫苗的出口动物，实际却是疾病携带者。第一类国家的出口市场受到最严格的限制，而最后一类国家拥有最多的出口市场。
2001年在英国爆发的口蹄疫流行病凸显了畜牧业干预决策相关的复杂性。经过疫苗的连续改良和大规模应用，口蹄疫在整个欧洲得到了有效控制和实际消除。1991年，停止了疫苗接种。欧盟国家在没有接种疫苗的情况下没有出现口蹄疫流行病。2001年2月初，口蹄疫再次传入英格兰东北部的一个养猪场，根据流行病学家的最佳再现结果，可能是通过非法肉类进口，由此英国重新出现了口蹄疫。
截至3月中旬，由于畜牧业内部的定期流动，全国多个农场报告了病例。全国范围内迅速实施了对动物和人员流动的限制。通过宰杀所有受感染农场的所有牛、猪和羊，以及所有邻近农场的所有动物，流行病传播在4月中旬得到减缓，并在7月底停止。
近2000个直接受影响的农场不得不宰杀所有动物。为了消灭这种流行病，另外几千个农场也被扑杀，确保疫区附近没有任何动物。在流行病结束时，英国仍然被归类为未接种疫苗无口蹄疫流行病，但代价是宰杀了350万头牛、猪、山羊和绵羊，花费了数十亿美元。
扑杀是畜牧业许多其他感染的重要干预措施。它是任何可能导致严重人类疾病的病毒的第一道防线。
例如，对于急性禽流感，我们要立即确保周围没有更多的禽类携带者。同样，当克雅氏朊病毒病（Creutzfeldt-Jakob Prione disease）被发现时，第一道防线是确保附近没有携带朊病毒的奶牛。
在家养动物和野生动物之间，扑杀是一个重要但更复杂的问题。目前在美国和英国，关于宰杀野生动物以预防家畜疾病有两大争论。
布鲁氏菌病（Brucellosis）是牛的一种重要细菌性疾病，已从美国的养牛场中根除，但仍在大黄石地区的麋鹿和野牛中传播。在国家公园里宰杀麋鹿和野牛，以防止疾病蔓延到周围的牧场，显然是一个相当复杂的问题。
同样，牛结核病（Bovine TB）是英国畜牧业问题，但病原体的野生动物储备库是欧洲獾，这是国家保护物种。所以在这里，扑杀代表了农业和动物保护之间的主要利益冲突。