Cufflinks程序主要根据Tophat的比对结果，依托或不依托于参考基因组的GTF注释文件，计算出(各个gene的)isoform的FPKM值，并给出trascripts.gtf注释结果(组装出转录组)
Cufflinks下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffcompare和cuffdiff等几支主要的程序。主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找。
因为之前在Linux终端无法直接install安装，故萌生了去Cufflinks官网安装的想法。但却无意中下载了预编译的二进制版本，之后便进入了一步步的爬坑之路。
一、首先得安装Boost C++ libraries
一般下载了二进制文件后，首要的都是直接解压后进入目录./configure
但是这第一步变出了问题，系统会提醒你没有安装Boost C++ libraries，因此首先便是要安装Boost C++ libraries,这个直接百度boost便可进入官网，直接点击download下载最新的版本压缩包即可
而后用MobaXterm发送到服务器上。
之后
1、解压缩bjam并将其添加到PATH中。
2、解压缩Boost tarball并cd到Boost源目录。在一些Boost安装说明中，此目录称为BOOST_ROOT。
3、可以使用-prefix选项指定Boost的放置位置。默认的Boost安装目录是/ usr / local。记下boost安装目录，因为您需要告诉Cufflinks安装程序稍后在哪里找到Boost
若是Linux64位，使用
bjam --prefix=<YOUR_BOOST_INSTALL_DIRECTORY> --toolset=gcc architecture=x86 address_model=64 link=static runtime-link=static stage install
来配置Boost
二、 安装 Eigen libraries
Eigen libraries也是生成预编译文件一个重要的依赖软件，我们也需要去官网下载压缩包，同理传到服务器上并解压缩后
1、cd到Eigen源目录。
2、将系统上的Eigen /子目录复制到保存头文件的位置（例如/ usr / local / include）
cd eigen-eigen-b3f3d4950030
sudo cp -r Eigen/ /usr/local/include/
三、安装SAM工具
其实就是安装samtools，因为之前安装过，在这里就不多做赘述，直接操作
1、选择要将SAM工具二进制文件，包含的库libbam.a和库头文件复制到/ usr / local /
2、将libbam.a复制到上面选择的文件夹中的lib /目录（例如/ usr / local / lib /）
3、在include /目录中创建一个名为“bam”的目录（例如/ usr / local / include / bam）
将头文件（以.h结尾的文件）复制到上面创建的include / bam目录（例如/ usr / local / include / bam）
4、将samtools二进制文件复制到PATH中的某个目录
用代码描述就是
cp libbam.a /usr/local/lib
cp *.h /usr/local/include/bam/
cp samtools /usr/bin/
当完成了这两三步后，再次运行
./configure --prefix=/path/to/cufflinks/install --with-boost=/path/to/boost --with-eigen=/path/to/eigen
便会发现能够成功生成Makefile文件,之后再输入
make
make install
便能够成功安装。
其实，想用Cufflinks并不需要这么麻烦，人家官网早就已经为我们开发好了编译好的Linux版本，可以直接下载Linux x86_64 binary。不需要上述繁琐步骤，解压后的程序直接可用。只需要添加环境变量即可。
