qiime2类型文件:读入的feature不能太多,亲测47000多个feature消耗内存110G,导入好几个小时依然失败。而一万多的feature就大概一分钟就能正常读入。
且看文件大小看不出来。
reads count数比较少的,例如只有
几十条
的这种样本需要去除,不然出来的alpha稀释曲线会以这个最少的为底限,最终出图x轴readsNums就只到几十。画图支持多分组:
.group = c("class1", "class2")。
alpha多样性的图可以自己设置比较组:
comparison = list(c("g1", "g2"), c("g1", "g3"))
。可以用step_increase = 0.1
调整比较组的连线距离,避免重叠。可以搭配使用ggsci包进行颜色修改。
MicrobiotaProcess注意事项
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