MicrobiotaProcess注意事项

  1. qiime2类型文件:读入的feature不能太多,亲测47000多个feature消耗内存110G,导入好几个小时依然失败。而一万多的feature就大概一分钟就能正常读入。且看文件大小看不出来。

  2. reads count数比较少的,例如只有几十条的这种样本需要去除,不然出来的alpha稀释曲线会以这个最少的为底限,最终出图x轴readsNums就只到几十。

  3. 画图支持多分组:.group = c("class1", "class2")。

  4. alpha多样性的图可以自己设置比较组:comparison = list(c("g1", "g2"), c("g1", "g3"))。可以用step_increase = 0.1调整比较组的连线距离,避免重叠。

  5. 可以搭配使用ggsci包进行颜色修改。

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。

推荐阅读更多精彩内容