1. 构建参考基因组的序列的index

bowtie-build reference.fasta reference

2. 将测序序列比对到参考基因组

这里的输入序列可以是seq.txt，qseq.txt，fasta，fastq格式，输入为解压格式。

perl mapper.pl \
input.fastq \  #输入为fastq文件
-e \   #指定输入为fastq格式
-h \  #解析出fasta格式
-j \   #删除非核酸字母（a,c,g,t,u,n,A,C,G,T,U,N）
-k TCGTATGCCGTCTTCTGCTTGT \   #3'端的接头序列
-l 18 \ #保留最小的长度
-m \  #collapses the reads
-p reference \ #bowtie index的参考序列
-s out_collapsed.fa \ #输出文件名
-t out.arf \ #输出比对文件
-u \  #保留中间文件
-n \  #覆盖已经生成的结果
-o 16   #运行的线程数

3. 鉴定已知和未知的miRNA

perl miRDeep2.pl \
out_collapsed.fa \  #是经过mapper.pl处理的reads。
reference.fasta \  #参考序列
out.arf \  #mapping的结果
ref_mature_miRNA \  #研究物种的成熟miRNA文件，miRBase有下载
none \  #其他物种相关的成熟miRNA文件，miRBase有下载
ref_hairpin_miRNA \ #研究物种miRNA前体的文件，miRBase有下载
-t hsa #物种