当进行完比对后，有时想要在IGV里面直观的查看比对的结果，这时候就需要在IGV里面加载BAM文件。
同参考序列一样，BAM文件在IGV里面进行加载前需要创建索引。
可以通过两种方式进行。
直接在IGV可视化窗口中进行操作
点击Tools下拉列表
选择Run igvtools选项
在弹出的对话框中，command下拉列表中选择Index
在Input File中加载需要创建索引的BAM文件
点击Run直接在命令行用samtools index工具
samtools index $BAM
归纳一下：
bwa index 为参考基因组创建索引，用于比对；
samtools faidx 为参考基因组创建索引，用于查找和IGV可视化；
samtools index 为BAM文件创建索引，用于 IGV可视化BAM比对信息
