单细胞测序(sc-RNA seq)分析:Seurat4.0系列教程、高级分析、文章复现

时代的洪流奔涌而至,单细胞技术也从旧时王谢堂前燕,飞入寻常百姓家。雪崩的时候,没有一片雪花是无辜的,你我也从素不相识,到被一起卷入单细胞天地。R语言和Seurat已以势如破竹之势进入4.0时代,天问一号探测器已进入火星乌托邦平原了,你还不会单细胞吗?那么为了不被时代抛弃的太远,跟着我们一起通过学习seurat系列教程入门单细胞吧。
首先我们学习经典的标准流程,这个教程小编当初入门时候曾经花1000购买过,也曾花6000购买过,不同的单细胞培训班,买的是一样的教程。现在免费送给你,别说话,开始学吧!

Seurat4.0系列教程1:标准流程 - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程2:多模式数据联合分析 - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程3:合并两个样品的10x数据集 - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程4:整合分析 - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程5:交互技巧 - 简书 (jianshu.com)

Seurat4.0系列教程6:常用命令 - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程7:数据可视化方法 - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程8:细胞周期评分和回归分析 - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程9:差异表达检测 - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程10:降维 - 简书 (jianshu.com)

Seurat4.0系列教程11:使用sctransform - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程12:大数据集整合的方法 - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程13:使用互惠 PCA (RPCA) 快速整合数据 - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程14:整合scRNA-seq and scATAC-seq数据 - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程15:映射和注释查询数据集 - 简书 (jianshu.com)

Seurat4.0系列教程16:多模式参考映射注释细胞 - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程17:Mixscape - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程18:Weighted Nearest Neighbor Analysis(WNN)) - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程19:多线程并行策略 - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程20:单细胞对象的格式转换 - 简书 (jianshu.com)

Seurat4.0系列教程21: 结合Cell Hashing分析双细胞 - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程22:空间转录组的分析、可视化与整合 - 简书 (jianshu.com)

Seurat4.0系列教程告一段落,但这决不是终点。这个系列教程只是给大家打开一扇窗,知道Seurat4.0有这些功能可用,少走弯路,起到一个抛转引玉的作用,后续还要自己深入研究。不要像我当初入门单细胞之时,为了找到整合方法耗费大量时间及不必要的金钱。君子生非异也,善假于物也。学,然后知不足。加油吧!少年!用好单细胞测序及分析这个技术,为人类健康研究做出自己的贡献!不足之处,恳请批评指正!------以此纪念粉丝突破1000。

细胞通讯分析

CellChat三部曲1:使用CellChat对单个数据集进行细胞间通讯分析 - 简书 (jianshu.com)
CellChat 三部曲2:使用CellChat 对多个数据集细胞通讯进行比较分析 - 简书 (jianshu.com)
CellChat 三部曲3:具有不同细胞类型成分的多个数据集的细胞通讯比较分析 - 简书 (jianshu.com)

转录因子分析

RNA速率分析

RNAvelocity系列教程1:RNA速率简介及scVelo安装 - 简书 (jianshu.com)
RNAvelocity系列教程2:使用 Seurat 和 scVelo 估计 RNA 速率 - 简书 (jianshu.com)
RNAvelocity系列教程3:使用Seurat和velocyto估算RNA速率 - 简书 (jianshu.com)
RNAvelocity系列教程4:velocyto.R的使用教程 - 简书 (jianshu.com)
RNAvelocity系列教程5:scVelo 的基本知识 - 简书 (jianshu.com)
RNAvelocity系列教程6:# scVelo用于RNA 速率基本流程 - 简书 (jianshu.com)
RNAvelocity系列教程7:# scVelo实战-胰腺数据集 - 简书 (jianshu.com)
RNAvelocity系列教程8:# scVelo实战-齿状回数据集 - 简书 (jianshu.com)
RNAvelocity系列教程9:# scVelo应用-动力学模型 - 简书 (jianshu.com)
RNAvelocity系列教程10:# scVelo应用-微分动力学 - 简书 (jianshu.com)

其他高级分析教程

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单细胞CNS文章复现

单细胞测序文章图表复现01—读入文件的表达矩阵构建Seurat对象 - 简书 (jianshu.com)
单细胞测序文章图表复现02—Seurat标准流程之聚类分群 - 简书 (jianshu.com)
单细胞测序文章图表复现03—区分免疫细胞和肿瘤细胞 - 简书 (jianshu.com)
单细胞测序文章图表复现04—聚类分群的resolution参数问题 - 简书 (jianshu.com)

CNS图表复现11—RNA-seq数据可不只是表达量矩阵结果 - 简书 (jianshu.com)

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