这部电影的一开始讲到了尼奥的飞船回到了现在世界上仅剩的最后一座人类居住的城市‘锡安’。
回到他们的城市后开了一个大会，议员们把机器人要攻击这座城市的真相告诉了大家。开完会之后大家就尽情的狂欢了。
第二天他们又离开了这座城市，尼奥去见了先知，他知道了先知只是一个程序，还知道了，他要找到开锁匠。让他进入移动门里面有一个母体，他可以在那里将机器停止运转。于是他就去一个地方找了开锁，这样找到之后他们就来到了那个门前，可是令他特别的失望。在找到开锁涨之后囚禁开锁这样的人一直在追他们，在打斗时墨菲斯差点送命，幸好当时尼奥来救了他们，不然他们就要炸死了。
当时尼奥在母体里面选择了左边的门，以最快的速度接住了从楼上掉下来的崔妮蒂，但当时崔妮蒂的呼吸几乎已经快没了，于是尼奥就把手伸到崔妮蒂的身体里面，将子弹取了出来。可惜崔妮蒂身体里的子弹被取出来后还是死了，于是尼奥就又把手伸到崔妮蒂的身体里面，用手拧住崔妮蒂的心脏，将她救活了。
来到现实世界后他们的飞船遭到了袭击，这次“哨兵”没有闯进他们的飞船里面，而是扔了一个炸弹过来，他们只好从飞船里面逃走，在逃的路上尼奥突然停了下来，他可以感应到那些“哨兵”，就在那些“哨兵”要追上他们的那一刻，尼奥突然举起了手，转眼间那些“哨兵”都落在了地上，也就是说尼奥打败了他们，但尼奥也在那一瞬间倒下晕了过去。
幸好当时有一艘飞船经过，救了他们。当是船上还有一个幸存者，不过，那个幸存者是史密斯。
